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Projekt
Z-Projekt - Bacteriophagen Repositorium, Services und Databank-Aufbau
Antragsteller
Professor Dr. Jörg Overmann; Dr. Johannes Wittmann
Fachliche Zuordnung
Virologie
Stoffwechselphysiologie, Biochemie und Genetik der Mikroorganismen
Stoffwechselphysiologie, Biochemie und Genetik der Mikroorganismen
Förderung
Förderung seit 2021
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 465136285
Das Z-Projekt nimmt zentrale Serviceaufgaben für alle Projekte innerhalb des SPP 2330 wahr. Es unterstützt die einzelnen Projekte mit modernsten Methoden zur Analyse aller relevanten Aspekte der Biologie prokaryotischer Viren, wie sie für die nachfolgenden Forschungsarbeiten benötigt werden. Das Z-Projekt wird auch die Langzeitkonservierung, Qualitätskontrolle und Bereitstellung der isolierten Bioressourcen und der zugehörigen Daten übernehmen. Neben der Isolierung neuer Viren umfassen die Services im Einzelnen die Ermittlung des Wirtsspektrums, der Parameter und Kinetiken des Wachstums und der Wirtslyse (Wurfgröße, Effizienz des Wirtsbefalls, Adsorptionsrate, Häufigkeit der Resistenzentwicklung), die Analyse der Phagen-Wirts-Interaktion anhand der Adsorption an Rezeptoren und der intrazellulären Replikationsorte, sowie die Lokalisation von Phagen in Biofilmen mittels super-resolution Fluoreszenzmikroskopie sowie die Erfassung der Virenmorphologie durch Transmissions-Elektronenmikroskopie. Durch vergleichende Genomanalysen der Viren und ihrer prokaryotischen Wirte und mit metagenomischen Analysen des Virioms in Umweltproben werden eine phylogenomische Einordnung der Viren und neue Einblicke in ihre Funktionalität ermöglicht. Die assoziierten (Meta)daten werden in einem zentralen Datenbankmodul (PHAGODive) gesichert und zugänglich gemacht. Dieses Modul wird auf der Basis der existierenden Datenbank BacDive entwickelt. Dabei werden kontrolliertes Vokabular, definierte Textfelder und umfassende Suchfunktionen etabliert, um einen leichten Zugang zu den zusammengeführten Daten der Modellorganismen des SPP 2330 zu gewährleisten. Zusätzlich werden den Projekten die bisher 900 unterschiedlichen (teilweise noch nicht öffentlich verfügbaren) Phagen der DSMZ-Sammlung als Referenzmaterialien zur Verfügung gestellt. Das Z-Projekt ist am Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen angesiedelt.
DFG-Verfahren
Schwerpunktprogramme
