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TRR 319: RMaP: RNA Modifikation und Prozessierung
Fachliche Zuordnung
Biologie
Medizin
Medizin
Förderung
Förderung seit 2021
Webseite
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Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 439669440
Forschung zur RNA-Biogenese und -Reifung führt kontinuierlich zu bahnbrechenden Entdeckungen mit grundlegenden Auswirkungen auf das tägliche Leben, wie kürzlich der Nobelpreis 2020 für CRISPR/Cas oder die anhaltende Presseberichterstattung über RNA-Impfstoffe gezeigt haben. Im Laufe der letzten Jahrzehnte hat die RNA-Wissenschaft immer wieder einflussreiche Entdeckungen hervorgebracht, die grundlegende Prinzipien der Genexpression enthüllten. Davon enthielt nur das Gebiet der RNA-Editierung Elemente sowohl der Prozessierung als auch der Modifikation. Bahnbrechende Entdeckungen konzentrierten sich fast ausschließlich auf die Prozessierung, z.B. RNA-Spleißen, RNA-Zerfall und RNAi. Bemerkenswert ist, dass CRISPR/Cas ursprünglich als eine RNA-dirigierte RNA-Prozessierung entdeckt wurde. Das jüngste Wiedererscheinen von RNA-Modifikationen in der Forschung hat gezeigt, dass RNA- Prozessierung durch eine weitere, noch unsichtbare zusätzliche Regulation geprägt ist. RNA-Modifikationen sind Veränderungen der RNA, die eine Reihe chemischer Reaktionen umfassen, darunter Deaminierung, Isomerisierung, Methylierungen von Ribose oder Nukleobasen und kompliziertere Konjugate. Angesichts des weit verbreiteten Auftretens von RNA-Modifikationen in allen Domänen des Lebenden müssen sich RNA-Processing und Modifikationswege unter gegenseitiger Beeinflussung entwickelt haben. Trotz des massiven Anstiegs der Forschung zu RNA-Modifikation wurde dem Zusammenspiel zwischen RNA-Prozessierung und RNA-Modifizierungswegen bisher wenig Aufmerksamkeit geschenkt. Bis vor einigen Jahren waren viele chemische Modifikationen für Standardtechniken der Molekularbiologie weitgehend unsichtbar. Technologische Innovationen, insbesondere systemweite Ansätze in Verbindung mit Hochdurchsatz-Sequenzierung, haben eine Aufbruchsstimmung erzeugt, die das neue Gebiet der Epitranskriptomik geprägte hat. Wir haben jetzt die Werkzeuge, um die verschiedenen Bereiche in ein übergeordnetes Bild der RNA-Reifungsereignisse zu integrieren. RMaP zielt auf ein tiefgreifendes Verständnis davon ab, wie Modifikation und Prozessierung zusammen die RNA-Reifung bestimmen und so wiederum die RNA Funktion und deren regulatorischen Wirkung auf die Genexpression kontrollieren. Die Teams von RMaP haben, sowohl einzeln als auch in kooperativer Arbeit, Schlüsselbeiträge in beiden Bereichen geleistet. Als Konsortium strebt RMaP nun ein integratives Verständnis des Zusammenspiels zwischen RNA-Modifikationen und diversen Prozessierungsereignissen an, darunter nukleolytische Spaltung, Addition von unkodierten Nukleotiden und Degradation. Die koordinierte Forschung, die sich auf das Zusammenspiel zwischen RNA-Modifikationen, RNA-Prozessierung und RNA-Effektorfunktionen konzentriert, wird eine beachtliche Triebkraft bewirken, um ein mechanistisches und funktionelles Verständnis der Epitranskriptomik, sowie wichtige Impulse für eine ganzheitliche Vision des RNA-Stoffwechsels, der Reifung und des Katabolismus zu generieren
DFG-Verfahren
Transregios
Laufende Projekte
- A01 - Funktionale Rollen von 5-methylcytosin (m5C9 in der Regulation des Zelleschicksals in normalem Gewebe und in Krankheiten. (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Frye, Ph.D., Michaela ; Lyko, Frank ; Schirmeister, Tanja )
- A02 - Mehrere Capping und Decapping Pfade für NAD-modifizierte RNA und deren Relation zu RNA Prozessierung (Teilprojektleiter Jäschke, Andres )
- A03 - Einfluss von RNA Modifikationen auf RNA Prozessierung und Stimulation der Toll-like Rezeptoren 7/8 des angeborenen Immunsystems. (Teilprojektleiter Butter, Falk ; Dalpke, Alexander )
- A04 - Umfassende Analyse von mRNA Editing, Modifikation und Prozessierung in Makrophagen (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Papavasiliou, Ph.D., F. Nina ; Stoecklin, Georg )
- A05 - Dynamic von RNA Modifikationen und Prozessierung im Replikationszyklus von Flaviviren (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Helm, Mark ; Ruggieri, Ph.D., Alessia )
- A06 - Wechselspiel von tRNA Spleißen und tRNA Modifikationen (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Peschek, Jirka ; Tuorto, Francesca )
- B01 - Mechanistischer und funktionaler Einfluss von RNA Modifikationen auf alternatives Spleißen (Teilprojektleiter Dieterich, Christoph ; König, Ph.D., Julian ; Roignant, Jean-Yves )
- B03 - Molekulare Einblicke in die Rolle von MTREC bei ncRNA Prozessierung und Abbau (Teilprojektleiterin Sinning, Irmgard )
- B04 - Identifizierung und Prozessierung von piRNA Vorläufern in C. elegans (Teilprojektleiter Ketting, Ph.D., René )
- B05 - Fehlmodifikation von tRNA im „no-go“ Abbau und in anderen Pfaden der co-translationalen Qualitätskontrolle (Teilprojektleiterin Winz, Marie-Luise )
- B06 - Assemblierung, Aktivität und Strukturdynamik eukaryotischer H/ACA-Komplexe (Teilprojektleiter Hengesbach, Martin )
- C01 - Neue Techniken zur Kartographierung von Modifikationen und effizientes Management von RNA-Seq Daten (Teilprojektleiter Helm, Mark ; Hildebrandt, Andreas ; Schmidt, Bertil )
- C02 - SCI-MODOM – Integration und Management von RNA Modifikationsdaten (Teilprojektleiter Dieterich, Christoph ; Hildebrandt, Andreas )
- C03 - Massenspektrometrie von RNA und Proteinen in modifizierten RNPs (Teilprojektleiter Butter, Falk ; Helm, Mark ; Jäschke, Andres )
- IRTGMGK - Integriertes Graduiertenkolleg (Teilprojektleiterin Ruggieri, Ph.D., Alessia )
- Z - Zentrale Aufgaben des SFB/Transregio (Teilprojektleiter Helm, Mark )
Antragstellende Institution
Johannes Gutenberg-Universität Mainz
Mitantragstellende Institution
Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg
Beteiligte Institution
Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ); Friedrich-Loeffler-Institut
Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit
Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit
Beteiligte Hochschule
Technische Universität Dresden; Universität Mannheim
Sprecher
Professor Dr. Mark Helm