Geräteeinheit für die Sequenzierung und Auftrennung genomischer Fragmente sowie für die quantitative PCR-Analyse

• Subject Area: Medicine
• Term: Funded in 2008
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 57259082

Ein wesentlicher Schwerpunkt der Forschungsprojekte der Klinik für Innere Medizin IM ist die Identifizierung von molekularen Pathomechanismen und neuen Biomarkern bei akuten und chronischen Leukämien im Erwachsenenalter. Hierzu werden moderne molekulargenetische Methoden wie die Sequenzanalyse, die quantitative Genexpressionsanalyse, sowie unterschiedliche array-basierte Techniken eingesetzt. Aus den laufenden Forschungsprojekten, insbesondere den array-basierten Analysen werden eine Vielzahl potentieller Kandidatengene identifiziert, die sowohl mittels Sequenzanalyse, als auch quantitativer Expressions-Analyse auf Einzelgen-Niveau auf ihre pathogenetische Bedeutung untersucht werden müssen (z.B. gene dosage effect, Zygotie-Status). Darüber hinaus lassen sich sowohl bei den akuten als auch bei den chronischen Leukämien eine Reihe von leukämie-relevanten Genaberrationen nachweisen, mit deren Hilfe genetische Risikoprofile erstellt werden. Die beantragte Geräteeinheit ist für die Durchführung dieser Analysen (Mutationsanalysen, quantitative Expressionsanalysen auf Einzelgenniveau) vorgesehen. Mit Hilfe des DNA-Sequenzers können genomische Fragmente bis zu einer Länge von 900 bp mit hoher Sensitivität im Hochdurchsatzverfahren sequenziert und somit große Gene/Genabschnitte auf Mutationen analysiert, sowie genomische Fragmente unterschiedlicher Länge aufgetrennt werden. Da Genmutationen häufig zu einer deregulierten Genexpression führen, bzw. die Überexpression von Genen Folge einer Mutation sein kann, ist die Durchführung beider Techniken in einem Großteil der zu untersuchenden Gene obligat. Für die quantitative Expressionanaiyse auf Einzelgen-Niveau wird ein Real Time PCR System verwendet, das eine hochsensitive Quantifizierung (RQ-PCR) der Expression von Genfusionsprodukten oder einzelnen Genen erlaubt.

• DFG Programme: Major Research Instrumentation
• Instrumentation Group: 3150 DNA-Sequenzer
• Applicant Institution: Universität Ulm
• Leader: Professor Dr. Hartmut Döhner