LC-MS/MS System mit hochauflösendem Massenspektrometer und nano-UHPLC - Gerät 1 von 2

• Fachliche Zuordnung: Grundlagen der Biologie und Medizin
• Förderung: Förderung in 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 527318136

Die Proteomanalyse in der translationalen Forschung hat in letzter Zeit stark an Dynamik gewonnen. Neue Technologien für die Probenverarbeitung und die massenspektrometrische Analyse ermöglichen es uns jetzt, neue Arbeitsabläufe für eine Vielzahl von biomedizinischen Forschungsanwendungen und sogar für die Diagnostik zu etablieren. Das derzeitige Gerät ist seit mehr als 12 Jahren ununterbrochen im Einsatz, die wartungsbedingten Ausfallzeiten haben sich in den letzten vier Jahren deutlich erhöht. Außerdem ist es nicht mehr wettbewerbsfähig, vor allem wegen der langsamen Scanraten und der fehlenden Möglichkeiten zur Durchführung neuartiger Analyse-Workflows wie datenunabhängiger Massenspektrometrie oder ähnlicher Ansätze. Daher beantragen wir ein neues Gerät um dieses Gerät zu ersetzen. Es soll für verschiedene proteomische Anwendungen eingesetzt werden, u. a. für die Analyse von Formalin-fixierten und in Paraffin eingebetteten Gewebeproben, für die nur begrenztes Material zur Verfügung steht. Auch die Analyse von relativ kleinen Gewebe- oder Organoidproben, einschließlich Pull-Downs für die Proteininteraktionsanalyse über Fusionsproteine und Antikörper-basierte Pull-Downs, nimmt zu, und die Analyse von Körperflüssigkeiten wie Tränenflüssigkeit und Perilymphe erfordert ein hochempfindliches und zuverlässiges Flüssigkeitschromathographie-Massenspektrometrie System mit hoher Empfindlichkeit, hohem Durchsatz und großer Analysetiefe. Dies erfordert ein Gerät mit hohen Scan-Raten und ultrahoher Auflösung für einen großen Probendurchsatz bei sehr komplexen und auch sehr geringen Probenmengen. Um den Durchsatz und die Reproduzierbarkeit zu erhöhen, muss das neue Gerät außerdem die hochauflösende und schnelle, Daten-unabhängigen Aufnahme und zu Validierungszwecken und zum Nachweis spezifischer Proteine in komplexen Proben eine gezielte Analyse spezifischer Peptide ermöglichen. Außerdem muss für die Trennung der komplexen Gemische ein Ultra-Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographie System an das Massenspektrometer angeschlossen werden, das eine hochauflösende Trennung komplexer Peptidgemische bei Nanodurchflussraten ermöglicht. Bei der von uns beantragten Gerätekombination handelt es sich um ein Nano-Ultra-Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographie System, gekoppelt mit einer Ionenmobilitätseinheit, die mit einem ultrahochauflösenden Massenspektrometer verbunden ist. Diese Kombination ist ein perfekter Aufbau, um eine präzise Retentionszeit zu erreichen, die Probendispersion und Systemverschleppung zu begrenzen, den Hintergrund des spektralen Rauschens zu reduzieren und eine empfindliche und genaue Identifizierung und Quantifizierung von Peptiden mit hoher Auflösung zu liefern.

• DFG-Verfahren: Forschungsgroßgeräte
• Großgeräte: LC-MS/MS System mit hochauflösendem Massenspektrometer und nano-UHPLC - Gerät 1 von 2
• Gerätegruppe: 1700 Massenspektrometer
• Antragstellende Institution: Eberhard Karls Universität Tübingen
• Leiter: Professor Marius Ueffing, Ph.D.