Hochleistungsrechner
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Bereich Lebenswissenschaften: Am Cologne Center for Genomics wurde eine Pipeline zur Analyse von Exomen entwickelt und reale Exome sowie Genome, Mendeliome und Genpanels in Kooperation mit zahlreichen Partnern prozessiert. Im CECAD Forschungszentrum wurden statistische Verfahren zur Auswertung biologischer Hochdurchsatzdaten prozessiert. Die Arbeiten umfassen u.a. den Aufbau von Workflows für die Analyse von Daten aus dem Next-Generation Sequencing (NGS) und der Massenspektrometrie. Ein Schwerpunkt lag auf der rechenintensiven Analyse von Proteomics-Daten, d.h., von simultanen Konzentrationsmessungen von zehntausenden Proteinfragmenten. Im Institut für Genetik wurden zur Entstehung der enormen Artenvielfalt von Arthropoden Sequenzvergleiche und phylogenetische Berechnungen durchgeführt. Bereich Chemie: Im Institut f. theoretische Physik wurden quantenchemische Untersuchungen, z.B. an Verbindungen der Lanthanoiden und Actinoiden, makrocyclischer Liganden u.a. durchgeführt. In Arbeitsgruppen aus der organischen Chemie wurden Computer-gestützte Methoden der theoretischen Chemie eingesetzt, um die Ursprünge von Reaktivitäten und Selektivitäten in Katalysatorsystemen aufzuklären. Im Institut f. Physikalische Chemie wurden frühe Stadien der Keimbildung mit molekulardynamischen Simulationsmethoden untersucht. 2. Im Institut für Bau- und Werkstoffchemie (Univ. Siegen) wurden experimentelle Methoden bei Untersuchungen von Reaktionsmechanismen bei Bindemitteln durch computerbasierte Modellierung unterstützt. Am Institut für Physikalische und Theoretische Chemie (Uni Bonn) wurden Eigenschaften von kristallinen Phasen und Nanomaterialien sowie Adsorptionsvorgänge an oxidischen und metallischen Oberflächen berechnet. Am Institut für anorganische Chemie (Univ. Bielefeld) wurden rechnergestützte Analysen der Reaktivität dreiwertiger Organophosphorverbindungen sowie von Pentafluorethylelement-Verbindungen des Siliciums und Zinns durchgeführt. An der Uni Duisburg-Essen wurden QM/MM- und CASSCF- Methoden zur Analyse von Retinal-Protein-Modellen sowie CASSCF-Methoden zur Analyse molekularer Reaktionsmechanismen von Terpenen (Pinen) eingesetzt. Am Lehrstuhl für Theoretische Chemie (Ruhr-Uni Bochum) wurden umfangreiche ab-initio-MD-Studien zur Analyse verschiedener Systeme durchgeführt. Bereich Meteorologie/Klimaforschung: Am Institut für Geophysik & Meteorologie wurden u.a. Wind- und Niederschlagsentwicklungen auf regionaler Skala unter verschiedenen Klimaänderungsszenarien untersucht, sowie an der Verbesserung der Modellierung von Wolken und Niederschlag gearbeitet. Mit Hilfe numerischer Modellierung der Atmosphäre sowie der Wechselwirkungen zwischen Erdoberfläche und Atmosphäre wurden bspw. Starkregenereignisse untersucht. Ein weiterer Schwerpunkt lag auf der Malariamodellierung. Bereich Geophysik: Am Institut für Geophysik & Meteorologie wurden mit Hilfe magnetohydrodynamischer Gleichungen Strömungsprobleme in magnetisierten Plasmen bei Planeten und Monden untersucht, und die Ergebnisse mit gemessenen Daten verglichen. In einem anderen Bereich wurden Inversions- und Vorwärtsalgorithmen in ein bis drei Dimensionen verwendet, um Fragestellungen der Lagerstättensuche, des Managements von Öl- und Gasreservoiren und besonders bei der Sondierung von Altlasten voranzutreiben. Bereich Physik: Im Institut für Theoretische Physik wurden biologische Evolutionsprozesse mit Methoden der statistischen Physik modelliert, wobei die explizite Simulationen von großen Populationen in hochdimensionalen Genotyp-Räumen eine zentrale Rolle spielt. Weiterhin wurden Viel- Fermionen-Systeme simuliert. Im Bereich Astrochemie wurden spektroskopische Beobachtungen ausgewertet, die als Datenkuben vorliegen und viele hundert bis tausend Spektrallinien beinhalten können. Eine andere Arbeitsgruppe beschäftigte sich mit der spektroskopischen Charakterisierung astronomisch und strukturchemisch relevanter, vornehmlich kurzlebiger Moleküle, und führt dazu quantenchemische Berechnungen auf Coupled-Cluster Niveau durch. Im Bereich Astrophysik wurden die Sternbildung und deren Auswirkung auf umgebende Molekülwolken numerisch untersucht. Im Bereich theoretische Festkörperphysik wurden u.a. mit Monte-Carlo-Simulationsmethoden quantenmechanische Vielkörper-Systeme, z.B. Fermionen- Systeme, untersucht.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
- Evaluation of ice and snow content in the global numerical weather
prediction model GME with CloudSat. Geoscientific Model Development, Vol. 4. 2011, Issue 3, pp. 579-589.
Reitter, S., K. Fröhlich, A. Seifert, S. Crewell, M. Mech
(Siehe online unter https://doi.org/10.5194/gmd-4-579-2011) - The 2-D coastal effect on marine time domain electromagnetic (TDEM)
measurements using broadside dBz/dt of an electrical, transmitter
Dipole. Geophysics, Vol. 76. 2011, Issue 2, F101-109.
Goldman M., Levi E., Tezkan B., Yogeshwar P.
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1190/1.3525276) - A force field for naproxen. Molecular Simulation, Vol. 38. 2012, Issue 2, 152-160.
F. Römer, T. Kraska
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1080/08927022.2011.608847) - Cyclic SiS2 - a new perspective on the Walsh rules. Angewandte Chemie International Edition, Vol. 51. 2012, Issue 15, pp. 3695–3698.
L. A. Mück, V. Lattanzi, S. Thorwirth, M. C. McCarthy, J. Gauss
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1002/anie.201108982) - On the phase structure of five-dimensional SU(2) gauge theories with anisotropic couplings. Nuclear Physics B, Vol. 856. 2012, Issue 1, pp. 74-94.
F. Knechtli, M. Luz, A. Rago
(Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.nuclphysb.2011.11.001) - Past and recent changes in the North Atlantic oscillation
Climate Change, Vol. 3. 2012, Issue 1, pp. 79–90.
Pinto J.G., Raible C.C.
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1002/wcc.150) - A complete mass spectrometric map for the analysis of the yeast proteome and its application to quantitative trait analysis.
Nature, Vol. 494.2013, pp. 266–270.
Picotti P., Clement-Ziza M., Lam H., Campbell D.S., Schmidt A., Deutsch E.W., Röst H., Sun Z., Rinner O., Reiter L., Shen Q., Michaelson J.J., Frei A., Alberti S., Kusebauch U., Wollscheid B., Moritz R., Beyer A., Aebersold R.
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1038/nature11835) - Comparison of the singlet oxygen ene reactions of cyclic versus acyclic β,γ-unsaturated ketones: an experimental and computational study. Tetrahedron Letters, Vol. 54. 2013, Issue 23, pp. 2938-2941.
Griesbeck A. G., Goldfuss B., Leven M., de Kiff A.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.tetlet.2013.03.099) - DFT Study on the Effect of Water on the Carbonation of Portlandite.
Industrial & Engineering Chemistry Research, Vol. 52. 2013, Issue 5, pp 2168–2173.
A. Funk, R. Trettin
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1021/ie302972k) - High-Resolution Spectroscopy of C3 around 3 μm. The Journal of Physical Chemistry A, Vol. 117.2013, Issue 16, pp. 3332–3339.
J. Krieg, V. Lutter, C. P. Endres, I. Keppeler, P. Jensen, M. E. Harding, J. Vázquez, S. Schlemmer, T. F. Giesen, S. Thorwirth
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1021/jp3119204) - Rate of adaptation in sexuals and asexuals: A solvable model of the Fisher-Muller effect. Genetics, Vol. 195. 2013, no. 3, pp. 941-955.
Su-Chan Park, Joachim Krug
(Siehe online unter https://doi.org/10.1534/genetics.113.155135) - Revisiting the potential effects of climate change on malaria transmission in Africa using regionalised climate projections
Climatic Change, Vol. 120. 2013, Issue 4, pp. 741–754.
Ermert, V., A. H. Fink, H. Paeth
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1007/s10584-013-0851-z) - The genome of Romanomermis culicivorax: revealing fundamental changes in the core developmental genetic toolkit in Nematoda.
BMC Genomics, Vol. 14. 2013, Issue 1: 923.
Schiffer P.H., Kroiher M., Kraus C., Koutsovoulos G.D., Kumar S., Camps J.I., Nsah N.A., Stappert D., Morris K., Heger P., Altmüller J., Frommolt P., Nürnberg P., Thomas W.K., Blaxter M.L., Schierenberg E.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-923) - Third-order incremental dual-basis set zero-buffer approach: an accurate and efficient way to obtain CCSD and CCSD(T) energies.
Journal of Chemical Theory and Computation, Vol. 9. 2013, Issue 7, pp. 2992–3003.
J. Zhang, M. Dolg
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1021/ct400284d) - Further development of a parameterization for convective
turbulent dust emission and evaluation based on field observations.
Journal of Geophysical Research: Atmospheres, Vol. 119. 2014, Issue 17, pp. 10441–10457.
M. Klose, Y. Shao, X. Li, H. Zhang, M. Ishizuka, M. Mikami, J.F. Leys
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1002/2014JD021688) - Mutation of POC1B in a Severe Syndromic Retinal Ciliopathy.
Human Mutation, Vol. 35. 2014, Issue 10, pp. 1153–1162.
Beck B.B., Phillips J.B., Bartram M.P., Wegner J., Thoenes M., Pannes A., Sampson J., Heller R., Göbel H., Koerber F., Neugebauer A., Hedergott A., Nürnberg G. et al.
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1002/humu.22618) - New tools in the box: An evolutionary synopsis of chromatin insulators. Trends in Genetics, Vol. 30. 2014, Issue 5, pp. 161-171.
Peter Heger, Thomas Wiehe
(Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.tig.2014.03.004) - Renyi Entropies of Interacting Fermions from Determinantal Quantum Monte Carlo Simulations. Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment, Vol. 2014. 2014, P08015.
P. Broecker, S. Trebst
(Siehe online unter https://doi.org/10.1088/1742-5468/2014/08/P08015) - Ubiquitous argonium (ArH+) in the diffuse interstellar medium: A molecular tracer of almost purely atomic gas. Astronomy & Astrophysics, Vol. 566. 2014, A29.
Schilke, P. et al.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1051/0004-6361/201423727) - The energy and momentum input of supernova explosions in structured and ionised molecular clouds. Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, Vol. 451. 2015, Issue 3, pp. 2757–2771.
Walch, S., Naab, T.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1093/mnras/stv1155)