Entwicklung von effizienten Methoden für das 1:n Docking von Proteinen unter Berücksichtigung lokaler Flexibilität

• Antragsteller: Professor Dr. Hans-Peter Kriegel
• Fachliche Zuordnung: Sicherheit und Verlässlichkeit, Betriebs-, Kommunikations- und verteilte Systeme
• Förderung: Förderung von 1998 bis 2003
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 5131352

Im Rahmen des Projektes sollen neue Filtermethoden für die 1:n-Dockingsuche in großen Proteindatenbanken entwickelt werden. In enger Kooperation mit den Projektpartnern und auf der Basis der Ergebnisse der erste Projektphase sollen die folgenden Ziele erreicht werden: (1) Entwicklung von selektiven Filtermethoden und Anfragealgorithmen für die Dockingsuche, welche neben den geometrischen auch physikalisch-chemische Oberflächeneigenschaften von Proteinen berücksichtigen und die molekulare Flexibilität beim Docking einbeziehen. Entsprechende Anfragen sollen auch auf großen Datenbanken schnell beantwortet werden. (2) Integration in kommerzielle Datenbanksysteme. Um einen späteren Einsatz der entwickelten Methoden in Forschung und Industrie zu ermöglichen, sollen Möglichkeiten zur Integration in kommerzielle Systeme untersucht werden. Dabei sind Modifikation der Basissysteme möglichst zu vermeiden, um eine breite Verwendbarkeit zu gewährleisten.

• DFG-Verfahren: Schwerpunktprogramme
• Teilprojekt zu: SPP 1063: Informatikmethoden zur Analyse und Interpretation großer genomischer Datenmengen
• Beteiligte Person: Professor Dr. Thomas Seidl