Hochauflösendes Proteomics-Massenspektrometer mit Ionenmobilitätsinterface in nanoLC-Kopplung

• Fachliche Zuordnung: Grundlagen der Biologie und Medizin
• Förderung: Förderung in 2022
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 499404771

Wir beantragen hiermit Mittel zur Beschaffung eines hochauflösenden Elektrosprayionisations-Tandem-Massenspektrometers zur Proteomforschung mit einer zusätzlichen Ionenmobilitäts-basierten Trennung im Interface-Bereich, in Kopplung an Nanofluss- und Mikrofluss-Chromatographiesysteme. Das System soll in der Wissenschaftlichen Serviceeinrichtung Proteomanalyse der Universitätsmedizin Göttingen (UMG) aufgestellt und betrieben werden. Die Serviceeinrichtung unterstützt vor allem die forschenden Gruppen der UMG durch ein Portfolio Massenspektrometrie-basierter Methoden der Proteomanalyse. Sie wurde in 2012 gegründet und ist in der DFG-Datenbank RIsources registriert (RI00483).Das beantragte System soll als Ersatzbeschaffung ein alterndes Gerät ersetzen, das in der Serviceeinrichtung seit 2012 betrieben wird. Es soll folgende experimentelle Ansätze unterstützen:1) Datenunabhängige Acquisition (engl. data-independent acquisition, DIA) für die Analyse von Zellkulturen, Körperflüssigkeiten und Geweben im mittleren und hohen Durchsatz;2) Datenabhängige Acquisition (engl. data-dependent acquisition, DDA) unter Verwendung isotopenbasierter Label (z.B. Tandem Mass Tags, TMT) für die umfassende Analyse von Proteinexpression und posttranslationalen Proteinmodifikationen (PTMs) in komplexen Proben;3) DDA und DIA zur Analyse chemisch verknüpfter Peptid- und Proteinproben (sog. cross-links) zur globalen Analyse von Protein/Protein-Kontaktstellen für die Strukturbiologie;4) DDA und DIA zur Analyse von Protein/Protein-Interaktomen und –Proxeomen nach Affinitätsaufreinigung (engl. affinity purification, AP) bzw. Proximity Labeling. Diese experimentellen Ansätze erfordern die Implementierung einer zusätzlichen Ionenmobilitäts-basierten Trennebene beispielsweise im Interface-Bereich des Massenspektrometers, sowie die Direktkopplung des Massenspektrometers mit Chromatographieanlagen sowohl im Nanofluss-Bereich (100-350 nl min-1) als auch im Mikrofluss-Bereich (1-10 ul min-1). Die ist erforderlich, um sowohl umfassende Proteomanalysen kleiner und kleinster Probenmengen in höchstem Detail zu ermöglichen, als auch die Analyse größerer Probenkohorten von Körperflüssigkeiten und Geweben im Kontext klinischer Forschung.

• DFG-Verfahren: Forschungsgroßgeräte
• Großgeräte: Hochauflösendes Proteomics-Massenspektrometer mit Ionenmobilitätsinterface in nanoLC-Kopplung
• Gerätegruppe: 1700 Massenspektrometer
• Antragstellende Institution: Georg-August-Universität Göttingen
• Leiter: Dr. Christof Lenz