I3D:bio - Informationsinfrastruktur für Bioimaging-Daten

• Antragstellerinnen / Antragsteller: Dr. Karen Bernhardt; Professorin Dr. Elisa May; Dr. Roland Nitschke; Professorin Dr. Stefanie Weidtkamp-Peters
• Förderung: Förderung seit 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 462231789

Seit zwei Jahrhunderten trägt Mikroskopie fundamental zu den Entdeckungen der Lebenswissenschaften bei. Jüngste technologische Errungenschaften haben die Mikroskopie in eine quantitative big-data-Methode transformiert, die Einblicke in die molekularen Details von biologischen Präparaten ermöglicht. Diese massiven Daten können ihren vollen Nutzen nur entfalten, wenn sie mit der wissenschaflichen Community geteilt werden. Nur dann können Forschende durch Reproduzieren, Vergleichen und wiederholtes Analysieren neues Wissen aus bereits existierenden Bioimaging-Daten generieren. Das Teilen von Daten mit der Community erfordert ein von FAIR Prinzipien geleitetes Datenmanagement: Daten müssen in offenen Formaten gespeichert und mit Metadaten annotiert werden, die wiederum abrufbar und interpretierbar sein müssen. Daten müssen in öffentlichen Repositorien gespeichert und langfristig zugänglich sein. Die hier vorgeschlagene I3D:bio Infrastruktur soll deutschen Wissenschaftler*innen den FAIRen Umgang mit Bioimaging-Daten nahebringen und ermöglichen. Auch die Vernetzung mit internationalen Initiativen für die Schaffung einer pan-europäischen Infrastruktur für Bioimaging-Datenmanagement sowie die Beteiligung an Aktivitäten zur Definition von Standards für biologische Bilddatenformate und -repositorien sind Ziele von I3D:bio.Die Infrastruktur wird zunächst Dienstleistungen zu Datenmanagement basierend auf OMERO anbieten. OMERO ist eine open-source Plattform für die Visualisierung, das Management und die Bearbeitung von wissenschaftlichen Bilddaten. I3D:bio Nutzer*innen werden zielgruppengerechte und nutzerorientierte Anleitungen zur Nutzung von OMERO als zentrale Ressource zur Verfügung gestellt. Sie werden Werkzeuge für die Annotation von Bilddaten mit kontrollierten Vokabularen bekommen und bei deren Implementierung unterstützt. I3D:bio wird eine OMERO Datenbank mit Referenzbildern und Protokollen für die Messung der Leistungsparameter von Mikroskopen und Tools für die Integration von OMERO mit elektronischen Laborbüchern anbieten. I3D:bio wird auch eine Plattform für Kommunikation und für Trainingsangebote sein. Alle Ressourcen von I3D:bio werden frei zugänglich sein. Um I3D:bio aufzubauen, werden wir uns auf das Netzwerk von Imaging Core Facilities und Forschungsgruppen der German BioImaging-Gesellschaft für Mikroskopie und Bildanalyse stützen. Mehrere Kollaborationspartner*innen an verschiedenen deutschen Forschungsorganisationen haben sich bereit erklärt, an I3D:bio mitzuwirken, da sie den Mehrwert eines koordinierten Ansatzes für Bilddatenmanagement deutlich erkennen. Wir werden auch den Aufbau der Nationalen Forschungsdateninfrastruktur NFDI aufmerksam verfolgen. Mehrere Konsortien, die Bioimaging-basierte Forschung betreiben, haben bereits ihr Interesse an den Diensten der I3D:bio Initiative bekundet. Unsere Infrastruktur hat das Potenzial sich als Bezugsinstanz für das Management von biologischen Bilddaten innerhalb der NFDI zu entwickeln.

• DFG-Verfahren: Forschungsdaten und Software (Wiss. Literaturversorgung und Informationssysteme)
• Mitverantwortlich(e): Susanne Kunis