Kapillarsequenzierer

• Fachliche Zuordnung: Agrar-, Forstwissenschaften und Tiermedizin
• Förderung: Förderung in 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 458332906

Die hochauflösende Kapillarelektrophorese ist ein Standardverfahren zur präzisen Fragmentlängenbestimmung von DNA-Fragmenten. Das Hauptanwendungsgebiet des Kapillarsequenzierers ist die Hochdurchsatz-Genotypisierung von locus-spezifischen DNA-Markern wie z.B. hochvariablen Mikrosatelliten bei verschiedenen Tier- und Pflanzenarten. Er soll aber auch in laufenden und geplanten Projekten zur gezielten Sequenzierung von DNA-Barcoding-Regionen bei unterschiedlichen Organismengruppen zur Anwendung kommen. Die hochpräzise Fragmentlängenbestimmung ist entscheidend für populationsgenetische und forensische Anwendungen wie Genfluss- und Vaterschaftsanalysen und für die Erfassung von genetischer Variation von Tier- und Pflanzenarten. Im Rahmen der Erhaltung von Genressourcen und dem Monitoring der Wirkung anthropogener Faktoren auf die biologische Vielfalt und Diversität wird sie auch in Zukunft als Standardverfahren genutzt werden. In zunehmendem Maße stellen große Stichproben ebenso wie eine hochauflösende repräsentative Abdeckung des Genoms mit entsprechend vielen Markern die Grundlage für Veröffentlichungen dar. Somit wird ein System benötigt, das in der Lage ist, die Analyse von genetischen Markern (z.B. Kern- und Chloroplasten Mikrosatelliten) bei hohen Probenanzahlen durchzuführen. Aufgrund der breiten Anwendungsgebiete in der Genotypisierung (z.B. Genotypisierung von Mikrosatelliten, genomweite Charakterisierung mittels AFLPs) und der gezielten Sequenzierung von DNA-Barcoding-Markern, werden verschiedene Arbeitsgruppen in den Fachbereichen Forst und Biologie das Gerät nutzen, sodass eine Dauerauslastung des Geräts erwartet werden kann. Das Gerät soll zusammen mit einem bereits vorhandenen Massenspektrometer, das zur Charakterisierung von Einzelnukleotidpolymorphismen und epigenetischer Variation eingesetzt wird, Teil einer Serviceeinheit „DNA-Analytik“ werden.

• DFG-Verfahren: Forschungsgroßgeräte
• Großgeräte: Kapillarsequenzierer
• Gerätegruppe: 3150 DNA-Sequenzer
• Antragstellende Institution: Georg-August-Universität Göttingen
• Leiter: Professor Dr. Oliver Gailing