West German Genome Center

• Fachliche Zuordnung: Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung
• Förderung: Förderung seit 2018
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 407493903

Next Generation Sequencing (NGS) ist eine Schlüsseltechnologie der Lebenswissenschaften und, verbunden mit innovativer Bioinformatik (BI), essenziell, um die Exzellenz an deutschen Universitäten zu befördern. Um zentralisierte NGS-Services bei gleichzeitiger Einbeziehung dezentraler NGS- und (Bio-)Informatik-Expertise zu verwirklichen, schlagen wir die Bildung eines Westdeutschen Genomzentrums (WGGC) vor, an dem sechs Gründungsuniversitäten unter Kölner Führung mitwirken. Als NGS-Kompetenzzentrum (NGS-CC) umfasst das WGGC starke und spezialisierte NGS-Produktionsstandorte an der UzK, UBO und HHU, die mit der exzellenten BI/Computing-Expertise aller sechs Partner kombiniert werden. Dieser Ansatz wurde von international erfolgreichen Zentren (z.B. des Broad Instituts) und Netzwerken (z.B. des Harvard Cancer Centers) übernommen, die ebenfalls kooperierende Partner affiliieren. Die einzelnen WGGC-Partner tragen komplementäre Expertisen zum NGS-CC bei. Das Cologne Center for Genomics (CCG) der UzK hat sich als führender universitärer NGS-Produktionsstandort in Deutschland etabliert. UBO ist in der Hochdurchsatzgenomik zur Erforschung komplexer Erkrankungen ausgewiesen und führend in der Einzelzellgenomik. HHU fokussiert auf Long-Read-Sequenzierung als überaus zukunftsträchtigem Gebiet, das zusätzlich durch Experten der RWTH und des MPIPZ gestärkt wird. USAAR trägt gemeinsam mit UDE und UBO zu nationalen und internationalen Netzwerken der epigenomischen Forschung bei und wird das WGGC in wichtige internationalen Konsortien einbringen.Die Experten des WGGC decken nahezu alle Aspekte der NGS-Forschung ab. Besonders ausgewiesen sind sie in Human- und medizinischer Genetik sowie Onko- und Pflanzengenomik. Die vorhandene Expertise umfasst die Handhabung moderner Sequenzierinfrastruktur, die Genomik diverser Taxa, das Assembly von Genomen und Transkriptomen, Biodiversitätsforschung bei Tieren und Pflanzen, Epigenomik, Computational Biology, BI, Hochleistungsrechnen, Statistik und Datenwissenschaften. Das WGGC wird eine herausragende Plattform für kollaborative Forschungsprojekte sein. Es wird >50% seiner neu geschaffenen NGS/BI-Kapazität für DFG-Projekte bereitstellen und alle WGGC-Partner werden diesen Service durch Beratung, Zusammenarbeit und/oder Datenanalyse unterstützen.Unser Vorschlag ist ein Konsortium benachbarter Universitäten in Westdeutschland mit exzellenter NGS-Kompetenz und seit langem bestehender, DFG-geförderter NGS-Infrastruktur. Eine solche Partnerschaft, in der NGS-Services zentralisiert angeboten werden, während NGS-Entwicklung und Innovation an allen Standorten der WGGC-Partner blühen können, wird sich als optimale Strategie erweisen, um diese essenzielle Technologie zu entwickeln, voranzutreiben und bereitzustellen. Das WGGC wird die Leistungsfähigkeit und Expertise für alle Wissenschaftler mit NGS-Bedarf in Westdeutschland bündeln und sie bei der Durchführung national und international wettbewerbsfähiger Forschung unterstützen.

• DFG-Verfahren: Großgeräteinitiative
• Großgeräte: 3x High Throughput DNA Sequencer ; Laboratory Information Management System (IT) ; Long Read DNA Sequencer ; System for Sample Preparation (Automation for Sample and Library Preparation)
• Gerätegruppe: 1060 Dilutoren, Pipettiergeräte, Probennehmer ; 3150 DNA-Sequenzer ; 7031 Labor-EDV-Systeme
• Antragstellende Institution: Universität zu Köln
• Leiter: Professor Michael Nothnagel, Ph.D., seit 5/2023; Professor Dr. Peter Nürnberg, bis 4/2023