Nicht-kodierende RNAs als Barrieren in aufkommenden viralen Infektionen

• Antragstellerin: Professorin Dr. Manja Marz
• Fachliche Zuordnung: Bioinformatik und Theoretische Biologie ; Virologie
• Förderung: Förderung von 2016 bis 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 287898388

Nicht-kodierenden RNAs wird eine tragende Rolle während viraler Infektionen in Wirtszellen zugeschrieben. Im wesentlichen sind diese (langen) nicht-kodierenden RNAs aber - bis auf miRNAs - relativ schlecht untersucht. In diesem Antrag werden wir ncRNAs in den Hauptreservoirs Kamele, Nager, Fledermäuse und Insekten annotieren.Das Ziel dieses Antrags ist es die Rolle der regulativen RNAs zu verstehen um Speziesbarrieren zu definieren. Dafür benutzen wir einen drei-dimensionalen Ansatz. Die Achsen sind Virus, Host und Gewebe. Als erstes werden wir die Viren- und Wirtsachse konstant halten und verschiedene Gewebe untersuchen. Mit Hilfe differentieller Expressionsanalyse versuchen wir gewebsspezifische Merkmale zu finden.In einem zweiten Ansatz werden wir verschiedene Wirts-Gewebssysteme konstant halten und diese mit verschiedenen Viren infizieren. Dadurch können wir allgemein exprimierte nicht-kodierende RNAs während viraler Infektionen bestimmen, aber auch die virusspezifischen ncRNAs.In einem dritten Ansatz werden wir die Viren und Gewebe konstant halten und diese Kombination für verschiedene Wirte untersuchen. Mit diesem Ansatz zielen wir darauf ab, Speziesbarrieren für Viren die zu verschiedenen Krankheiten führen zu definieren. Wir werden die RNA-Seq generierten Daten innerhalb des Schwerpunktprogramms sammeln. Diese werden mit synchronisierten RNA Extraktionsprotokollen und Library-Generierungen hergestellt. Die existierende Datenlage wird in diesem Antrag um wenige Virus-Wirt-Gewebe-Datenpunkte erweitert um das übergeordnete Ziel erfüllen zu können.Zusätzlich werden wir als Bioinformatik-Core-Facility den Mitgliedern des Schwerpunktprogramms zur Verfügung stehen.

• DFG-Verfahren: Schwerpunktprogramme
• Teilprojekt zu: SPP 1596: Ökologie und Speziesbarrieren bei neuartigen Viruserkrankungen