Erforschung der Proteinerkennung supramolekularer Liganden mit Hilfe von MD- und QM/MM-Methoden (A08)

• Fachliche Zuordnung: Theoretische Chemie: Elektronenstruktur, Dynamik, Simulation
• Förderung: Förderung von 2014 bis 2022
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 229838028

Im Teilprojekt A8 entwickeln wir theoretische Modelle für Protein-Ligand-Komplexe. Diese Modelle dienen zur Entwicklung spezifischer supramolekularer Liganden, die selbst in komplexen Proteinumgebungen arbeiten. Unsere Ziele sind: 1) Identifizierung von inter- und intramolekularen Wechselwirkungen, welche die Spezifität von Liganden bestimmen, einschließlich lokaler Solvatationseffekte, 2) Design von strukturellen Veränderungen, um diese Wechselwirkungen zu optimieren und 3) wenn möglich soll auch der Einfluss der Liganden auf das Protein studiert werden. Um unsere Ziele zu erreichen, verbinden wir molekulardynamische Simulationen unter Berücksichtigung moderner Samplingmethoden mit Rechnungen zur Bestimmung freier Energien. Einen wichtigen Beitrag leisten auch von uns implimentierte multiskalige Verfahren.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 1093: Supramolekulare Chemie an Proteinen
• Antragstellende Institution: Universität Duisburg-Essen
• Teilprojektleiterin: Professorin Dr. Elsa Sanchez Garcia