Phylogeny of panpulmonate gastropods investigated using a 'reduced-representation' genomic approach
Final Report Abstract
Der Ansatz unseres Pilot-Kleinprojektes war, über ddRADseqs massive Datensätze von Schnecken zu generieren und diese zur Rekonstruktion der damals umstrittenen Panpulmonaten-Phylogenie zu verwenden. Dies war zum Zeitpunkt der Antragstellung innovativ und riskant. Knapp 4 Jahre später wäre es unserer Meinung nach immer noch innovativ und wohl auch zielführend, ddRADseqs für phylogenetische Fragestellungen zu verwenden. Insgesamt ergaben sich für die ddRADseq Methodik, nach Überwindung vielfältiger methodischer, apparativer und auch Mollusken-spezifischer Schwierigkeiten, nun doch noch sehr interessante Perspektiven: Etliche mit bestimmten Restriktionsenzymen erhaltene Marker scheinen in der Tat informativ zur Klärung recht tiefer Splits (ca 300MYA) zu sein, während noch mehr Loci in näher verwandten oder sehr nah verwandten Taxa guten Informationsgehalt zu bieten scheinen. Es bleibt zu klären, ob mehr cDNA und deutlich tiefere Sequenzierungen bessere Repräsentierung der Marker über die Taxa hinweg zur Folge hat; zu erwarten wäre es, da in unserem bislang letzten Versuch praktisch sämtliche Taxonkombinationen zumindest einige Loci gemeinsam haben. Phylogenetische Analysen mit ddRADseqs über Familien und Ordnungen der Invertebraten hinweg gibt es unseres Wissens bisher nicht, scheinen aber bei entsprechender Finanzierung durchaus in naher Zukunft möglich. Innerhalb von Gattungen und Artenkomplexen scheint die Methode wie erwartet aussichtsreich, insbesondere, wenn eine größere Zahl von Proben vorliegt. Sobald das System auf dem MiSeq etabliert ist, könnten auch insgesamt ökonomischere HiSeq Runs versucht werden. Limitierend für sehr kleine Tiere ist sicherlich die recht große benötigte Menge an Ausgangs-DNA mit entsprechend hohem Bedarf an Gewebe. Dies war uns anfangs nicht bewusst. Auch der Laboraufwand mit sehr vielen Schritten und Fehlermöglichkeiten war beträchtlich und das Handling vieler Proben wurde unterschätzt. Bei Mollusken gibt es bisher unserer Kenntnis nach erst eine (unpublizierte) Arbeit mit ddRADseqs, zum Nautilus-Artenkomplex (Giribet, pers. Komm.); und das hat wohl gute Gründe: Große, nah verwandte Tiere und erheblicher zeitlicher und materieller Aufwand, das ddRADseq System von Peterson et al. (2012) für Mollusken zum Laufen zu bringen. Ist es geschafft, ergeben sich gute Möglichkeiten.
Publications
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