Einfluss von Protonen auf langsame Dynamiken von Phytochromen (C03)

• Fachliche Zuordnung: Bioinformatik und Theoretische Biologie
• Förderung: Förderung von 2013 bis 2020
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 221545957

Die strukturellen und dynamischen Eigenschaften von späten Intermediaten verschiedener Phytochromspezies soll mit Hilfe von all-atom Molekulardynamiksimulationen (MD), kombiniert mit hybriden quantenmechanischen/molekülmechanischen (QM/MM) Methoden, untersucht werden. Um hierbei Zeitskalen über dem ns-Bereich zu erreichen, werden die MD-Simulationen in einem "beschleunigtem" (accelerated) Modus durchgeführt. Das Endziel dieses Projektes ist es, zu verstehen, inwiefern die Dynamik von Protonierungen große Konformationsänderungen der Proteinmatrix auslösen, welche schlussendlich zur Aktivierung des Photorezeptors führen.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 1078: Proteinfunktion durch Protonierungsdynamik
• Antragstellende Institution: Freie Universität Berlin
• Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter: Professorin Maria Andrea Mroginski, Ph.D.; Dr. Tillmann Utesch, seit 1/2017