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Projekt
Dynamik der Translation unter normalen Bedingungen und oxidativem Stress
Antragstellerin
Professorin Dr. Zoya Ignatova
Fachliche Zuordnung
Biochemie
Förderung
Förderung von 2012 bis 2018
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 207100805
Ribosomen können im Prozess der Translation der mRNA vorübergehend verlangsamt werden. Die resultierende ungleichmäßige Geschwindigkeit spielt eine wichtige Rolle in der Genexpression und Proteinbiosynthese, insbesondere für co-translationelle Faltung und Targeting der Proteine. Bisher ist aber unbekannt wie sich externer Stress auf die Translationsdynamik und -geschwindigkeit auswirkt. In diesem Projekt untersuchen wir, wie Zellen auf translationeller Ebene auf oxidativen Stress reagieren. Wir nutzen Ribosome-Profiling kombiniert mit mRNA-Sequenzierung, um ein globales zelluläres Bild der translatierten mRNAs mit Single-Codon-Auflösung zu erhalten. Der Vergleich zwischen Zellen unter physiologischen Bedingungen und solchen unter oxidativem Stress wird neue Erkenntnisse über das zelluläre Programm liefern, mit dem Zellen oxidativem Stress entgegenwirken. Stress-Granulae (SG) und P-bodies sind Teil der integrativen Stressantwort. In ihnen sequestrieren cytosolische und nukleäre Proteine zeitweilig mRNAs und verhindern somit ihre Translation. Parallel zur globalen Bestimung der Gene, die bei der zelluläre Antwort gegen oxidativen Stress eingesetzt werden, können wir mit Hilfe der Deep-Sequenzing-Methode das mRNAome von Stress-Granulae und P-bodies erfassen. Weiterhin werden wir die Dynamik der Verteilung von mRNAs zwischen diesen Partikeln und translatierenden Ribosomen bei oxidativem Stress messen. Dabei verwenden wir Puls-Labeling Methoden kombiniert mit Immunopräzipitation. Zusammen werden diese Ergebnisse ein umfassendes globales Bild über die Dynamik der Translation unter Stressbedingungen ergeben und den Einfluss der Translation in der zellulären Stressantwort zeigen.
DFG-Verfahren
Forschungsgruppen
