Zentrale Datenanalyseplattform für das SPP-1530-Konsortium

• Antragsteller: Professor Dr. Ivo Große
• Fachliche Zuordnung: Pflanzenzüchtung, Pflanzenpathologie
• Förderung: Förderung von 2011 bis 2018
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 197267875

Ziel des Projektes ist die Entwicklung eines zentralen Informationssystems für Sequenz- und Expressionsdaten, die durch das SPP-1530-Konsortium generiert werden. Dieses Informationssystem wird ein vereinheitlichtes Framework für verschiedene Datenanalysen anbieten. Verschiedene Datenanalysepipelines werden implementiert werden, die z.B. die Annotation von Genomen, die Assemblierung und Annotation von Transkriptomen aus RNA-Seq-Daten, die Quantifizierung von differentieller Expression oder die Inferenz von FTi-Netzwerken in verschiedenen Pflanzenarten umfassen. Diese Pipelines werden aus öffentlich verfügbaren Softwaretools sowie aus maßgeschneiderten Komponenten bestehen, die spezifisch für die Auswertung von Daten aus Blütenpflanzen entwickelt werden.

• DFG-Verfahren: Schwerpunktprogramme
• Teilprojekt zu: SPP 1530: Flowering time control: from natural variation to crop improvement