SILVAngs: Die nächste Generation des Anlagesystems für ribosomale RNA Gene

• Antragsteller: Professor Dr. Frank Oliver Glöckner
• Fachliche Zuordnung: Bioinformatik und Theoretische Biologie
• Förderung: Förderung von 2011 bis 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 186840243

Die SILVA Datenbanken für ribosomale RNAs wurden 2007 ins Leben gerufen, um hochqualitative Referenzdatenbanken für alle drei Domänen des Lebens zur Verfügung zu stellen. Seit der Beendigung des "European Ribosomal RNA Database Project" ist SILVA die einzige Europäische rDNA Datenbank. Ausgelöst durch eine Revolution der Sequenzierkapazitäten hat die Analyse und Inventarisierung der mikrobiellen Diversität von Bakterien, Archaeen und Eukaryonten eine ungeahnte Dimension erreicht. Dadurch werden heutzutage nicht mehr nur einige hundert rDNA Klone sequenziert, sondern mittels "next generation sequencing" (NGS) Technologien, pro Studie, viele Millionen von amplifizierten rDNA "tags". Die reine Verfügbarkeit von Daten, respektive die Fähigkeit Daten zu produzieren, ist jedoch nicht gleichzusetzen mit der Produktion von biologischem Wissen. Um die Wissenschaft und deren Anwendungen voranzubringen, müssen Forscher in die Lage versetzt werden: 1. Daten zu analysieren und 2. Daten zu vergleichen. Ziel dieses Antrages ist es deshalb: 1. das SILVAngs System um innovative Analyse Techniken zu erweitern, 2. Anreize zu schaffen, die Ergebnisse von SILVAngs Projekten öffentlich zugänglich zu machen, 3. Eine Auswahl an öffentlich verfügbaren, experimentell gut vorbereiteten, reich mit kontextuellen Daten versehenen Projekten mit hoher Sequenzierqualität aus dem "Sequence Read Archive" mit SILVAngs zu analysieren. Dies wird zu einer wachsenden Anzahl an öffentlich verfügbaren NGS Referenzdatensätzen für die vergleichende Analyse, über biologische Domänen hinweg, führen. Zusammenfassend ist das Ziel dieses Antrages das standardisierte Prozessieren von amplicon basierenden rDNA Markergendaten zu vereinfachen, deren Ergebnisse, zusammen mit einem ausführlichen Set an Prozess- und kontextuellen Daten zu archivieren, sowie die Nachnutzung von Sequenzdaten im SRA zu erhöhen.

• DFG-Verfahren: Forschungsdaten und Software (Wiss. Literaturversorgung und Informationssysteme)
• Internationaler Bezug: Großbritannien
• Mitverantwortliche: Dr. Stefan Albaum; Dr. Pier Luigi Buttigieg; Guy Cochrane; Dr. Michael Diepenbroek; Dr. Alban Ramette; Dr. Marlis Reich