ESI/MALDI Massenspektrometer
Final Report Abstract
Die LTQ Orbitrap Velos stellt einen Kernbestandteil einer Core Facility dar, die Arbeitsgruppen der medizinischen, mathematisch-naturwissenschaftlichen und landwirtschaftlichen Fakultät der Universität Bonn aber auch Arbeitsgruppen außeruniversitärer Einrichtungen wie dem Deutschen Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen massenspektrometrische Analytik anbietet. Die Geräte der Core Facility werden von einem wissenschaftlichen Mitarbeiter und einem technischen Mitarbeiter in Vollzeit betrieben. Das Gerät wurde für Projekte eingesetzt, die im Rahmen der DFG geförderten SFBs 645, 670, 704 sowie 1089, der Forschergruppe 854, einzelner DFG Normalverfahren und des Emmy Noether Programms durchgeführt wurden. Darüberhinaus wurden Messungen im Rahmen EU und BMBF geförderter Projekte vorgenommen. Das Gerät ist ferner über das Teilprojekt Z4 in den SFB 645 integriert. Der größte Teil der Projekte befindet sich noch in Bearbeitung. Abgeschlossen wurden bisher vier Projekte. Eines befasste sich mit der Identifikation neuer Proteine, die bei der Schwefeloxidation des Bakteriums Allochromatium vinosum eine Rolle spielen. Dazu wurden die Proteome von Bakterien verglichen, die in der Gegenwart von Malat bzw. Sulfid, Thiosulfat und Schwefel kultiviert wurden. So konnten ein Gene Cluster sowie ein Protein mit bisher unbekannter Funktion identifiziert werden, die in Gegenwart von Schwefel stark hochreguliert waren. Durch Inaktivierung dieser Gene in Bakterien und Untersuchung des Phänotyps konnte die Bedeutung des Clusters, sowie des Proteins für die Schwefeloxidation verifiziert werden. HDGF (hepatoma derived growth factor) ist ein Wachstumsfaktor mit bisher nur unzureichend geklärter Funktion. Die Bedeutung dieses Proteins ergibt sich daraus, dass es die verstärkte Expression bei einer Reihe menschlicher Tumore aus bisher ungeklärten Gründen mit einer schlechten Prognose korreliert. Um Einblicke in die Funktion dieses Proteins zu bekommen wurden Interaktionspartner identifiziert. Dabei wurden eine Reihe von Proteinen gefunden, die RNA binden bzw. eine Rolle in der DNA Reparatur spielen. Als Hauptinteraktionspartner wurde Nucleolin identifiziert. Interessanterweise beruht die Interaktion von HDGF und Nucleolin auf der Gegenwart der mRNA von BCL-2, eines Proteins, das in die Regulation von Apoptose eingebunden ist. Desweiteren fördert HDGF die Umverteilung von Nucleolin aus dem Zellkern in das Zytoplasma. Diese Ergebnisse erlauben weitere Untersuchungen zum Zusammenhang zwischen HDGF Expression und Malignität. Humane HLA Klasse II Proteine sind essentiell für die Antigenpräsentation. HLA-Klasse II Proteine werden durch den CIITA (class II transactivator) transkriptionell reguliert. Es konnte gezeigt werden, dass das sogenannte B-associated antigen 3(BAT3), das innerhalb der HLA Klasse 3 Gene kodiert wird, seinerseits CIITA reguliert. Dabei fungiert BAT3 als ein Chaperon von CIITA. Eine Erhöhung bzw. Reduktion der BAT3 Expression führt daher zu einer entsprechenden Veränderung der CTIIA Expression. Polyketide sind Naturstoffe mit oft antibiotischer Wirkung. Charakteristisch für einige Polyketide ist das Vorhandensein einer Doppelbindung in α/ß Position. Eine Ausnahme bildet das Corallopyronin, bei dem die Doppelbindung während der Synthese von α/ß in die ß/γ Position verschoben wird. Diese biosynthetische Reaktion konnte mit Hilfe eines rekombinanten Enzymes in vitro nachgestellt werden. Dabei wurde die Aktivität des Enzymes durch massenspektrometrische Detektion der Migration der Doppelbindung gemessen.
Publications
- gamma-Interferon-regulated chaperone governs human lymphocyte antigen class II expression. The FASEBJournal 26, 104 (2012-Jan, 2012)
N. Kamper et al.
- Hepatoma-derived growth factor and nucleolin exist in the same ribonucleoprotein complex. BMC Biochemistry 14, 2 (2013)
S. Bremer et al.
- α,ß -> ß,γ Double Bond Migration in Corallopyronin A Biosynthesis. Chem Sci 4, 4175-4180 (2013)
F. Lohr at al.
- A Comparative Quantitative Proteomic Study Identifies New Proteins Relevant for Sulfur Oxidation in the Purple Sulfur Bacterium Allochromatium vinosum. Appl Environ Microbiol. (Jan 31, 2014)
T. Weissgerber, M. Sylvester, L. Kroninger, C. Dahl
(See online at https://doi.org/10.1128/AEM.04182-13)
