Massenspektrometer mit nano-LC-System

• Fachliche Zuordnung: Medizin
• Förderung: Förderung in 2009
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 149608332

• Erstellungsjahr: 2013

Zusammenfassung der Projektergebnisse

Das angeschaffte Massenspektrometer wurde sowohl im Institut für Toxikologie als auch im Rahmen der Core-Facility Proteomics der MHH für eine Vielzahl unterschiedlicher Projekte eingesetzt. Pro Jahr werden mehr als 2000 LC-MS-Analysen mit diesem Massenspektrometer durchgeführt, so dass eine Auslastung von annähernd 100 % erreicht wird. Wissenschaftlich wurden die im Folgenden aufgelisteten Projekte maßgebliche durch dieses Gerät unterstützt: Wirkung von bakteriellen Proteintoxinen auf Wirtszellen Einfluss der Sumoylierung auf Signalmoleküle; Funktionen der Clostridium botulinum Neurotoxine; Einfluss der Phosphorylierung auf regulatorische Prozesse; Biomarkersuche beim „Bronchioliltis Obliterans Syndrom“ nach Lungentransplantation; Proteomuntersuchungen bei Mykobakterien; micrRNA Effekte in Zellen der Akuten Lymphoblatischer Leukämie; Proteomanalyse von Pflanzenzellen; Neue Funktionen von cyclischen Nukleotid-Monophosphaten Serumproteomics bei Nutztieren; Proteininteraktionsstudien beim Cytomegalovirus; Protein/Protein-Interaktionsstudien bei DNA-bindenden Proteinen. Über die vielseitigen wissenschaftlichen Projekte hinaus wurde das Massenspektrometer für Dienstleistungsarbeiten im Feld der Proteinanalytik eingesetzt. In erster Linie wurden Proteine und ihre posttranslationalen Modifikationen identifiziert, aber auch individuelle Proteine in komplexe Proben charakterisiert. Zudem kam das Gerät bei Laborpraktika in der Studentenausbildung zum Einsatz und es wurden einige kleinere Projekte mit Unternehmen durchgeführt.

Projektbezogene Publikationen (Auswahl)

• Autoproteolytic cleavage mediates cytotoxicity of Clostridium difficile toxin A. (2011) Naunyn Schmiedebergs Arch Pharmacol. 383:253-262
  Kreimeyer I, Euler F, Marckscheffel A, Tatge H, Pich A, Olling A, Schwarz J, Just I, Gerhard R
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1007/s00210-010-0574-x)
• Bronchoalveolar lavage fluid of lung cancer patients: mapping the uncharted waters using proteomics technology. (2011) Lung Cancer 72: 136-138
  Oumeraci T, Schmidt B, Wolf1 T, Zapatka M, Pich A, Brors B, Eils R, Michael Fleischhacker M, Brigitte Schlegelberger B, von Neuhoff N
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.lungcan.2011.01.015)
• Effects of Clostridium difficile Toxin A on the proteome of colonocytes studied by differential 2D electrophoresis. (2011) J Proteomics 75, 469-479
  Zeiser JJ; Klodmann J; Braun HP; Gerhard R; Just I; Pich A
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.jprot.2011.08.012)
• Endo- and exopolygalacturonases of Ralstonia solanacearum are inhibited by polygalacturonase-inhibiting protein (PGIP) activity in tomato stem extracts. (2011) Plant Physiology and Biochemistry 49: 377-87
  Schacht T, Unger C, Pich A, Wydra K
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.plaphy.2011.02.001)
• Impact of clostridial glucosylating toxins on the proteome of colonic cells determined by isotope-coded protein labeling (ICPLTM) and LC-MALDI, (2011) Proteome Sci 9:48
  Jochim N, Gerhard R, Just I, and Pich A
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1186/1477-5956-9-48)
• Proteomic bronchiolitis obliterans syndrome risk monitoring in lung transplant recipients. (2011) Transplantation, 94: 477-485
  Wolf T, Oumeraci T, Gottlieb J, Pich A, Brors B, Eils R, Haverich A, Schlegelberger B, Welte T, Zapatka M, Neuhoff N
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1097/TP.0b013e318224c109)
• Site-directed mutagenesis of the {chi} subunit of DNA polymerase III and single-stranded DNA-binding protein of E. coli reveals key residues for their interaction. (2011) Nucleic Acids Res. 39: 1398-1407
  Naue N, Fedorov R, Pich A, Manstein DJ, Curth U
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1093/nar/gkq988)
• The biological activity of botulinum neurotoxin type C is dependent upon novel types of ganglioside binding sites. (2011) Mol Microbiol, 81:143-156
  Strotmeier J, Gu S, Jutzi S, Mahrhold S, Zhou J, Pich A, Eichner E, Bigalke H, Rummel A, Jin R, Thomas Binz T
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2011.07682.x)
• The effect of detergent-based decellularization procedures on cellular proteins and immunogenicity in equine carotid artery grafts. (2011) Biomaterials, 32, 9730-9737
  Boer U, Lohrenz A, Klingenberg M, Pich A, Haverich A, Wilhelmi M
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.biomaterials.2011.09.015)
• The human cytomegalovirus UL11 Protein interacts with the receptor tyrosine phosphatase CD45, resulting in functional paralysis of Tcells. (2011) PLoS Pathog. 7
  Gabaev I, Steinbrück L, Pokoyski C, Pich A, Schwinzer R, Schulz TF, Jacobs R, Messerle M, Kay-Jackson PC
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002432)
• The SCFFbxw5 E3-ubiquitin ligase is regulated by Plk4 and targets HsSAS-6 to control centrosome duplication. (2011) Nature Cell Biol 13:1004-1009
  Puklowski A, Yahya H, Keller D, May M, Chauhan S, Kossatz-Böhlert U, Grünwald, V, Kubicka S, Pich, A, Manns MP, Hoffmann I, Gönczy P, Malek NP
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/ncb2282)
• Binding of regulatory subunits of cyclic AMP-dependent protein kinase to cyclic SMP Agarose. (2012) PLoS ONE, 7(7): e39848
  Hammerschmidt A, Chatterji B, Zeiser J, Schröder A, Genieser HG, Pich A, Kaever V, Schwede F, Wolter S, Seifert R
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.pone.0039848)
• LC-MS-based secretome analysis of Clostridium difficile strains. (2012) Arch Microbiol. 194, 675-687
  Boetzkes A, Felkel KW, Jochim N, Zeiser J, Just I, and Pich A
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1007/s00203-012-0802-5)
• Proteomic and physiological responses of the halophyte Cakile maritima to moderate salinity at the germinative and vegetative stages. (2012) J Proteomics 75, 5667-5694
  Debez A, Braun HP, Pich A, Taamalli W, Koyro HW, Abdelly C, Huchzermeyer B
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.jprot.2012.08.012)
• Proteomic evaluation of sheep serum proteins. (2012) BMC Veterinary Research. 8, 66-71
  Chiaradia E, Avellini L, Tartaglia M, Gaiti A, Just I, Scoppetta F, Czentnar Z and Pich A
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1186/1746-6148-8-66)
• Release of TcdA and TcdB from Clostridium difficile cdi 630 is not affected by functional inactivation of the tcdE gene. (2012) Microb Pathog 52, 92-100
  Olling A, Seehase S, Minton NP, Tatge H, Schröter S, Kohlscheen S, Pich A, Just I, Gerhard R
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.micpath.2011.10.009)
• Serine-71 phosphorylation of rac1 modulates downstream signaling. (2012) PLoS One. 7(9)
  Schwarz J, Proff J, Hävemeier A, Ladwein M, Rottner K, Barlag B, Pich A, Tatge H, Just I, Gerhard R
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.pone.0044358)
• Differential expression of miR-17~92 identifies BCL2 as a therapeutic target in BCR-ABL positive B-lineage acute lymphoblastic leukemia. (2013) Leukemia
  Scherr M, Elder A, Battmer K, Barzan D, Bomken S, Ricke-Hoch M, Schröder A, Venturini L, Blair H, Vormoor J, Ottmann O, Ganser A, Pich A, Hilfiker-Kleiner D, Heidenreich O, and Eder M
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/leu.2013.361)
• Metabolic adaptation of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis to the gut environmen. (2013) Microbiology 159, 380-391
  Weigoldt M, Meens J, Bange FC, Pich A, Gerlach GF, Goethe R
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1099/mic.0.062737-0)
• Substrate specificity of clostridial glucosylating toxins and their function on colonocytes analyzed by proteomics techniques. (2013) J Proteome Res. 2013 Feb 6
  Zeiser J, Gerhard R, Just I, Pich A
  (Siehe online unter https://doi.org/10.1021/pr300973q)