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SFB 680:  Molekulare Grundlagen evolutionärer Innovationen

Fachliche Zuordnung Biologie
Medizin
Förderung Förderung von 2006 bis 2017
Projektkennung Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 13532522
 
Erstellungsjahr 2018

Zusammenfassung der Projektergebnisse

Die Forschung des SFB 680 fand im Kontext rasch wachsender Daten zu Genomsequenzen, Genregulation und metabolischen Netzwerken statt. Die neuen molekularen Daten eröffneten ungeahnte Möglichkeiten zur Beantwortung von Kernfragen der Evolution. Eines unserer wesentlichen Ziele war zu verstehen, wie Differenzen zwischen Spezies auf Variationen innerhalb einer Spezies aufbauen. Durch vergleichende genomische und funktionale Analysen haben wir gezeigt, wie funktionale Innovationen aus Änderungen von Gen-Wechselwirkungen in regulatorischen und metabolischen Netzwerken entstehen. Wiederholbare Veränderungen in Netzwerken erklären zum Beispiel die konvergente Evolution der Photosynthese, die Entstehung neuer Blütezyklen und Blattformen in Pflanzen sowie die Evolution der embryonalen Entwicklung von Insekten. Wir fanden auch einen komplementären Innovationsmodus: neue Gene, die manchmal aus nicht-kodierender Genomsequenz entstehen, können biologische Funktionen bestimmter Abstammungslinien erzeugen. Von gleicher Wichtigkeit war unsere Entwicklung neuer, quantitativer Verbindungen zwischen Experiment, Datenanalyse und Theorie in der Evolution. Dieser Fortschritt beruhte wesentlich auf zeitaufgelösten Daten mikrobieller und viraler Systeme, in denen die Evolution in Echtzeit verfolgt werden kann. Wir konnten zeigen, dass viele derartige Systeme einen schnellen Evolutionsmodus haben, in dem mehrere vorteilhafte Mutationen im Wettbewerb stehen. Welche Mutationen vorteilhaft sind wird durch empirische Fitnesslandschaften beschrieben, die wir aus beobachteten Zeitreihen evolutionärer Prozesse ableiten konnten. Aber ein Verständnis, warum Mutationen vorteilhaft sind, muss auf den physikalischen Grundlagen der Evolution aufbauen; dies war ein Kernthema des SFBs. Wir haben untersucht, wie Mutationen wichtige biophysikalische Merkmale einer Zelle beeinflussen, darunter Bindungsenergien, die Stabilität von Proteinen und metabolische Flüsse, und wir haben die Auswirkung dieser Phänotypen auf organismische Funktionen und Fitness bestimmt. Die resultierende evolutionäre Dynamik zeigt weitreichende Querverbindungen zur statistischen Physik: Systeme im Gleichgewicht gehorchen einer Boltzmann-Statistik der Fitness, während zeitabhängige Fitness Adaptationsprozesse im Nichtgleichgewicht erzeugt. Insgesamt hat unsere Forschung zu einem besseren Verständnis schnell evolvierender Systeme geführt, darunter wichtiger Krankheitserreger im Menschen, und damit Wege für neue Anwendungen der Evolutionsbiologie in der Medizin eröffnet. Mehr über unsere Forschung findet sich auf der Webseite des SFB 680.

Projektbezogene Publikationen (Auswahl)

  • (2006). A segmentation gene in Tribolium produces a polycistronic mRNA that codes for multiple conserved peptides. Cell 126, 559 - 569
    Savard J., Marques-Souza H., Aranda M., Tautz D.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.05.053)
  • (2006). Cross-species analysis of biological networks by Bayesian alignment. Proc. Natl. Acad. Sci. 103:10967-10972
    Berg J., Lässig M.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.0602294103)
  • (2006). Genomic islands of differentiation between house mouse subspecies. Genome Res 16: 730-737
    Harr B.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1101/gr.5045006)
  • (2006). The genetics of plant metabolism. Nature Genet. 38: 842-849
    Keurentjes J.J.B., Fu J., de Vos C.H., Lommen A., Hall R.D., Bino R.J., van der Plas L.H., Jansen R.C., Vreugdenhil D., Koornneef M.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1146/annurev-genet-120116-024640)
  • (2007). Clonal interference in large populations. Proc. Natl. Acad. Sci. 104: 18135-18140
    Park S.C., Krug J.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.0705778104)
  • (2008). Energy-dependent fitness: a quantitative model for the evolution of yeast transcription factor binding sites. Proc Natl Acad Sci. 105, 12376-81
    Mustonen V., Kinney J., Callan C.G. Jr., Lässig M.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.0805909105)
  • (2008). Self-regulatory circuits in dorsoventral axis formation of the short-germ beetle Tribolium castaneum. Dev Cell 14, 605-615
    Nunes da Fonseca R., von Levetzow C., Kalscheuer P., Basal A., van der Zee M., Roth S.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.devcel.2008.02.011)
  • (2009). Emergence of a new gene from an intergenic region. Curr Biol. 19:1527-31
    Heinen T.J., Staubach F., Häming D., Tautz D.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.cub.2009.07.049)
  • (2010). Fitness flux and ubiquity of adaptive evolution, Proc. Natl. Acad. Sci. 107:4248-53
    Mustonen V., Lässig M.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.0907953107)
  • (2010). Natural variation at Strubbelig Receptor Kinase 3 drives immune-triggered incompatibilities between A. thaliana accessions. Nature Genet. 42:1135-1139
    Alcázar R., García A.V., Kronholm I., de Meaux J., Koornneef M., Parker J.E., Reymond M.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/ng.704)
  • (2010). Phosphorylation of IRG resistance proteins is an evasion strategy for virulent T. gondii strains. PLoS Biology 8: e1000576
    Steinfeldt T., Könen-Waisman S., Tong L., Pawlowski N., Lamkemeyer T., Sibley L.D., Hunn J.P., Howard J.C.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000576)
  • (2011). Evolutionary accessibility of mutational pathways. PLoS Comp. Biol. 7:e1002134
    Franke J., Klözer A., de Visser J.A.G.M., Krug J.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002134)
  • (2011). Genetic and evolutionary perspectives on the interplay between plant immunity and development. Curr. Opin. Plant Biol. 14:378-384
    Alcázar R., Reymond M., Schmitz G., de Meaux J.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.pbi.2011.04.001)
  • (2011). Nonlinear fitness landscape of a molecular pathway. PLoS Genetics 7(7): e1002160
    Perfeito L., Ghozzi S., Berg J., Schnetz K., Lässig M.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002160)
  • (2012). The chromatin insulator CTCF and the emergence of metazoan diversity. Proc. Natl. Acad. Sci. 109:17507
    Heger P., Marin B., Bartkuhn M., Schierenberg E., Wiehe T.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.1111941109)
  • (2012). The genetic basis of flowering responses to seasonal cues. Nature Reviews Genetics 13:627
    Andrés F., Coupland G.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/nrg3291)
  • (2013). Predictability of evolution depends nonmonotonically on population size. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110:571-576
    Szendro I.G., Franke J., de Visser J.A.G.M., Krug J.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.1213613110)
  • (2013). Predicting C4 Photosynthesis Evolution: Modular, Individually Adaptive Steps on a Mount Fuji Fitness Landscape. Cell 153:1579-1588
    Heckmann D., Schulze S., Denton A., Gowik U., Westhoff P., Weber A.P.M., Lercher M.J.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.04.058)
  • (2013). Symplesiomorphies in the WUSCHEL clade suggest that the last common ancestor of seed plants contained at least four independent stem cell niches. New Phytol. 199:1081-1092
    Nardmann J., Werr W.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1111/nph.12343)
  • (2013). Toxoplasma gondii and the mouse; reciprocal virulence and resistance polymorphism. eLIFE 10.7554/eLife.01298
    Lilue J., Mueller U.B., Steinfeldt T., Howard J.C.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.7554/elife.01298)
  • (2014). A predictive fitness model for influenza. Nature 507:57-61
    Luksza M., Lässig M.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/nature13087)
  • (2014). Analysis of a plant complex resistance gene locus underlying immune-related hybrid incompatibility and its occurrence in nature. PloS Genet. 10, e1004848
    Alcazar R., von Reth M., Bautor J., Chae E., Weigel D., Koornneef M., Parker J.E.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004848)
  • (2014). Analysis of TTG1 function in Arabis alpina. BMC Plant Biol 14, 16
    Chopra D., Wolff H., Span J., Schellmann S., Coupland G., Albani M.C., Schrader A., Hülskamp M.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1186/1471-2229-14-16)
  • (2014). Dorsoventral polarity of the Nasonia embryo primarily relies on a BMP gradient formed without input from Toll. Curr Biol 24, 2393-2398
    Özuak O., Buchta T., Roth S., Lynch J.A.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.cub.2014.08.035)
  • (2014). Empirical fitness landscapes and the predictability of evolution. Nat. Rev. Genet. 15:480-490
    De Visser J.A.G.M., Krug J.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/nrg3744)
  • (2014). Leaf shape evolution through duplication, regulatory diversification, and loss of a homeobox gene. Science. 343:780-3
    Vlad D., Kierzkowski D., Rast M.I., Vuolo F., Dello Ioio R., Galinha C., Gan X, Hajheidari M., Hay A., Smith R.S., Huijser P., Bailey C.D., Tsiantis M.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1126/science.1248384)
  • (2014). Natural genetic variation impacts expression levels of coding, non-coding, and antisense transcripts in fission yeast. Mol. Syst. Biol. 10, 764–764
    Clement-Ziza M., …, Beyer A.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.15252/msb.20145123)
  • (2015). Differential interaction forces govern bacterial sorting in early biofilms, eLife, DOI 10.7554/eLife.10811
    Oldewurtel E.R., Kouzel N., Dewenter L., Henseler K., Maier B.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.7554/elife.10811)
  • (2015). Dynamic BMP signalling polarized by Toll patterns the dorsoventral axis in a hemimetabolous insect. Elife 4, e05502
    Sachs L., Chen Y.T., Drechsler A., Lynch J.A., Panfilio K.A., Lässig M., Berg J., Roth S.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.7554/elife.05502)
  • (2018). By land, air, and sea: hemipteran diversity through the genomic lens. Current Opinion in Insect Science 25:106-115
    Panfilio K.A., Angelini D.R.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.cois.2017.12.005)
  • (2016) Fitness trade-offs in competence differentiation of Bacillus subtilis, Front. Microbiol. 7, 888
    Yüksel M., Power J.J., Ribbe J., Volkmann T., Maier B.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00888)
  • (2016) On the dependency of cellular protein levels on mRNA abundance. (Review) Cell 165:535-50
    Liu Y., Beyer A., Aebersold R.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.03.014)
  • (2016). Adaptive evolution of complex innovations through step-wise metabolic niche expansion. Nature Communications 7:11607
    Szappanos B., Fritzemeier C.J., Csörgő B., Lázár V., Lu X., Fekete G., Bálint B., Herczeg R., Nag I., Notebaart R., Lercher M.J., Pál C., Papp B.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/ncomms11607)
  • (2016). Coupled enhancer and coding sequence evolution of a homeobox gene shaped leaf diversity. Genes Dev. 1;30:2370-2375
    Vuolo F., Mentink R.A., Hajheidari M., Bailey C.D., Filatov D.A., Tsiantis M.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1101/gad.290684.116)
  • (2016). The impact of Toxoplasma gondii on the mammalian genome. Current Opinion in Microbiology. 32:19-25
    Müller U.B., Howard J.C.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.mib.2016.04.009)
  • (2017). Divergence of annual and perennial species in the Brassicaceae and the contribution of cisacting variation at FLC orthologues. Molecular Ecology 26:3437-3457
    Kiefer C., Severing E., Karl R., Bergonzi S., Koch M., Tresch A., Coupland G.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1111/mec.14084)
  • (2017). Divergence of regulatory networks governed by the orthologous transcription factors FLC and PEP1 in Brassicaceae species. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 114:E11037-E11046
    Mateos J.L., Tilmes V., Madrigal P., Severing E., Richter R., Rijkenberg C.W.M., Krajewski P. & Coupland G.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.1618075114)
  • (2017). Evolution of commensal bacteria in the intestinal tract of mice. Current Opinion in Microbiology 38, 114-121
    Sousa A., Frazão N., Ramiro R.S., Gordo I.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.mib.2017.05.007)
  • (2017). Pervasive adaptation of gene expression in Drosophila, Cell Reports 20 (6) 1385-1395
    Nourmohammad A., Rambeau J., Held T., Kovacova V., Berg J., Lässig M.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.celrep.2017.07.033)
  • (2017). Predicting evolution. Nature Ecol. Evol. 1:0077
    Lässig M., Mustonen V., Walczak A.
    (Siehe online unter https://doi.org/10.1038/s41559-017-0077)
 
 

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