LC-MS/MS Massenspektrometer
Final Report Abstract
Die Arbeitsgruppe „Systematische Proteomforschung und Bioanalytik“ arbeitet an der CAU Kiel eigenständig an der Entwicklung (bio)analytischer Methoden für die Protein- und Proteomanalytik und ist gleichzeitig die Core-Facility für Proteomics für den Excellenzcluster „Entzündungen an Grenzflächen“. Ein weiterer Schwerpunkt stellt die Arbeit innerhalb eines Z-Projektes des SFB877 dar. Die Schwerpunkte der Arbeit, in welche das LC-Orbitrap MS/MS-System involviert ist lassen sich folgendermaßen zusammenfassen: (a) Methodische und technologische Weiterentwicklungen auf dem Gebiet der instrumentellen (Bio)Analytik. Dabei stehen die Kopplung der ESI-Massenspektrometrie mit mehrdimensionalen chromatographischen Trenntechniken und die Entwicklung und Validierung neuer analytischer Strategien für die Analyse von Peptiden, Proteinen, Proteomen, posttranslationalen Modifikationen sowie für andere Biomolekülklassen im Mittelpunkt. Schwerpunkte sind die Top-Down-Proteomics, die quantitative Proteomics, posttranslationale Modifikationen (insbes. die Aufklärung Disulfidbrückenmuster, Proteinphosphorylierung, proteolytische Prozessierung); die bakterielle Proteomik im Zusammenhang mit Host-Mikrobiom-Interaktionen, Metaproteomics und die Analyse antimikrobieller Peptide. (b) Anwendung dieser Methoden auf biologische, biotechnologische und biomedizinische Fragestellungen. So untersuchen wir in Kooperation mit Gruppen des Excellenzclusters „Entzündungen an Grenzflächen“ molekulare Ursachen und Mechanismen von Entzündungsprozessen (quantitative Proteomics, posttranslationale Modifikationen, Host-Mikrobiom-Interaktionen, antimikrobielle Peptide). Als Z-Unit für Proteomics innerhalb des SFB 877 „Proteolysis as a Regulatory Event in Pathophysiology“ bearbeitet die AG eine ganze Reihe von Fragestellungen auf dem Gebiet der proteolytischen Prozessierung von Proteinen im zellularen Kontext. Hier stehen Methoden der Identifizierung von Protease-Substraten und zur Bestimmung proteolytischer Spaltstellen im Fokus.
Publications
- Mammary fibroblasts regulate morphogenesis of normal and tumorigenic breast epithelial cells by mechanical and paracrine signals. Cancer Lett, 325: 175-188, (2012)
Luehr I, Friedl A, Overath T, Tholey A, Kunze T, Hilpert F, Sebens S, Arnold N, Roesel F, Oberg H-H, Maass N, Mundhenke C, Jonat W, Bauer M
(See online at https://doi.org/10.1016/j.canlet.2012.06.014) - Tandem mass tag protein labeling for top-down identification and quantification. Anal Chem, 84: 161-170, (2012)
Hung CW, Tholey
(See online at https://doi.org/10.1021/ac202243r) - The Macin Family of Antimicrobial Proteins Combines Antimicrobial and Nerve-Repair Activities. J Biol Chem, 287: 14246-14258, (2012)
Jung S, Sönnichsen FD, Hung CW, Tholey A, Boidin-Wichlacz C, Haeusgen W, Gelhaus C, Desel C, Podschun R, Waetzig V, Tasiemski A, Leippe M, Grötzinger J
(See online at https://doi.org/10.1074/jbc.M111.336495) - Optimized fragmentation conditions for iTRAQ labeled phosphopeptides. J Proteome Res
Linke D, Hung CW, Cassidy L, Tholey A
(See online at https://doi.org/10.1021/pr400113n) - Structure and function of a unique pore-forming protein from a pathogenic acanthamoeba. Nat Chem Biol, 9: 37-42, (2013)
Michalek M, Sönnichsen FD, Wechselberger R, Dingley AJ, Hung CW, Kopp A, Wienk H, Simanski M, Herbst R, Lorenzen I, Marciano-Cabral F, Gelhaus C, Gutsmann T, Tholey A, Grötzinger J, Leippe M
(See online at https://doi.org/10.1038/nchembio.1116)
