Gene Expression Profiling and Functional Genomics (Z01)

• Subject Area: Evolution, Anthropology
• Term: from 2004 to 2012
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5486087

Das Teilprojekt stellt dem Transregio zwei wichtige Technologien zur Verfügung: Auf der einen Seite haben wir in der letzten Förderperiode zusammen mit fast allen Teilprojekten Microarray-Analysen zur Genexpression durchgeführt. Dabei haben wir sowohl Maus- als auch humane Chips hergestellt und hybridisiert und die bioinformatische Auswertung übernommen. Diese Arbeiten sollen weitergeführt und auf genomweite Analysen mit kommerziellen Chips erweitert werden. Daneben haben wir Techniken etabliert, die systematische siRNA-Screens ermöglichen; dabei stellen wir dem Transregio vor allem retrovirale und siRNA Screens gegen alle humanen Kinasen zur Verfügung; diese Screens, in denen bis zu 1000 siRNA-Pools parallel untersucht werden, sind etabliert worden. Diese Screens können inzwischen mit Hilfe automatisierter konfokaler Mikroskopie ausgewertet werden, um quantitative Aussagen über die untersuchten Parameter zu erfassen und statistisch auszuwerten. Daneben soll die Analyse weiterer Genfamilien (zum Beispiel Ubiquitin-Ligasen) möglich gemacht werden.

• DFG Programme: CRC/Transregios
• Subproject of: TRR 17: Ras-dependent Pathways in Human Cancer
• Applicant Institution: Julius-Maximilians-Universität Würzburg
• Co-Applicant Institution: Philipps-Universität Marburg
• Project Head: Dr. Michael Krause