Numerische Simulation intrazellulärer Kalzium-Dynamik in lebenden Zellen

Applicant Professor Dr. Martin Falcke
Subject Area Mathematics
Term from 2004 to 2010
Project identifier Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5430435
 

Project Description

Kalzium ist ein wichtiger second messenger in der Zellkommunikation. Die Dynamik intrazellulären Kalziums ist im wesentlichen Freisetzung und Aufnahme durch Speicher und die Reaktion mit Puffern. Das Projekt hat die detaillierte theoretische Untersuchung der Freisetzung aus dem endoplasmischen Retikulum zum Ziel. Es sollen experimentell unzugängliche Parameter durch Simulationen bestimmt werden. Die Untersuchungen beginnen an lokalen Ereignissen und befassen sich dann mit dem Übergang zu globaler Freisetzung. Die dreidimensionale Geometrie, räumlich diskrete Anordnung der Kanäle und deren stochastisches Verhalten sollen modelliert werden. Die Kenntnis lokaler Parameter wird erlauben, Modelle des IP3-Rezeptorkanals qualitativ und quantitativ zu testen. Es sollen flexible adaptive Finite-Ele- ment-Methoden mit a posteriori Fehlerschätzern zum Einsatz kommen. Um die in der Zeitintegration auftretenden lokalen Steifigkeiten behandeln zu können, sollen lokale Partitionierungsmethoden für diesen numerisch aufwendigen Anwendungsfall entwickelt werden. Vom Standpunkt der Simulation betrachtet, ist intrazelluläre Kalziumdynamik prototypisch. Daher wird die zu schaffende software auch zur Simulation anderer intrazellulärer Prozesse genutzt werden können.
DFG Programme Priority Programmes
Subproject of SPP 1095:  Analysis, Modeling and Simulation of Multiscale Problems
Participating Person Professor Dr. Gerald Warnecke