Charakterisierung der Bindung von Poly(A)-Bindungsprotein 2 an Poly(A) mittels Fluoreszenztitrationen: Abhängigkeit der Bindungsparameter von der Polymerlänge

• Applicant: Dr. Sylke Meyer
• Subject Area: Biochemistry
• Term: from 2000 to 2002
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5290936

Das Poly(A)-Bindungsprotein II (PABP2) aus Säugetieren spielt eine entscheidende Rolle bei der Längenkontrolle während der Synthese des Poly(A)-Schwanzes der mRNAs. In vitro-Versuche zeigen, daß der Kontrollmechanismus eine echte Messung der Poly(A)-Schwanzlänge beinhaltet. PABP2 bindet stöchiometrisch an Poly(A) mit einer Bedeckungs-länge von ca. 15 Adenylatresten. Elektronenmikroskopie und Scanning Force Mikroskopie haben ergeben, daß dabei sowohl lineare Filamente von 7 nm Durchmesser als auch kugelförmige Partikel von 21 nm Durchmesser gebildet werden. Die maximale Partikelgröße von 21 nm wird bei einer Poly(A)-Länge von 200-300 nt erreicht. Da diese Länge der von neu synthetisiertem Poly(A) in vivo und in vitro entspricht, wird angenommen, daß die beobachteten Partikel Bestandteil der Längenkontrolle sind. Ziel des beantragten Vorhabens ist es, die o.g. Befunde zur Partikelbildung mit einer unabhängigen Methode zu verifizieren: Die intrinsische Fluoreszenz des PABP2 wird durch Bindung an Poly(A) gelöscht. Über diese Fluoreszenzlöschung soll die Bindung charakterisiert und die Abhängigkeit der thermodynamischen Parameter (Kass, wkoop, n) von der Poly(A)-Länge bestimmt werden. Im Falle der Bildung eines definierten Partikels mit A250 würde man erwarten, daß sich mindestens einer der Parameter bei einer Länge von 250-300 nt signifikant ändert.

• DFG Programme: Research Grants