The dictyostelium genome project: functional analysis of the transcriptome of Dictyostelium

• Applicant: Professor Dr. André Rosenthal
• Subject Area: Cell Biology
• Term: from 2000 to 2005
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5229478

Im Rahmen der DFG-Aktivität "Sequenzierung von Genomen kleiner Organismen" sind Mittel für die Sequenzierung von zwei der sechs Chromosomen von Dictyostelium discoideum bereitgestellt worden. Im Rahmen dieses Antrags sollen die Voraussetzungen für eine zügige Fertigstellung des gesamten Genoms und für den Beginn der funktionellen Analyse auf genomweiter Ebene geschaffen werden. A) Durch den Einsatz eines automatisierten Kapillarelektrophoresgeräts soll die Produktionskapazität erhöht werden, um eine beschleunigte Generierung von Sequenzinformation zu ermöglichen. B) Um möglichst früh Nutzen aus der produzierten Sequenzinformation ziehen zu können, soll parallel zur Sequenzierung und Annotation mit der funktionellen Analyse der identifizierten Gene begonnen werden. Zum jetzigen Zeitpunkt sind bereits ca. 90% aller Dictyostelium-Gene identifiziert. Unter Ausnutzung der vorliegenden Sequenzinformation wollen wir DNA Mikroarrays herstellen, um Expressionsprofile verschiedener Zellzustände von Wildtyp-Zellen sowie Expressionprofile von bereits gut charakterisierten Mutanten zu analysieren. Wir planen, die Dictyostelium Mikroarrays außerdem allen interessierten Labors in Deutschland und im Ausland zur Verfügung zu stellen.

• DFG Programme: Research Grants
• Major Instrumentation: DNA- Array und Scannersystem
• Instrumentation Group: 3170 DNA-Array-Systeme
• Participating Person: Professorin Dr. Angelika A. Noegel