Untersuchungen zur Populationsdynamik von schwebstoffassoziierten und frei suspendierten Bakteriengemeinschaften in der Wesermündung

• Applicant: Professor Dr. Meinhard Simon
• Subject Area: Hydrogeology, Hydrology, Limnology, Urban Water Management, Water Chemistry, Integrated Water Resources Management
• Term: from 1999 to 2002
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5205040

Im beantragten Forschungsvorhaben soll die Zusammensetzung der schwebstoffassoziierten und frei suspendierten Bakteriengemeinschaft im Salinitätsgradienten des Ästuars der Unterweser und deren saisonale Dynamik untersucht werden. Die qualitative Zusammensetzung wird mittels denaturierender Gradienten-Gel-Elektrophorese nach PCR-Amplifikation von Fragmenten des 16S rRNA-Gens mit 550 Basenpaaren analysiert. Die ausgeschnittenen Banden werden sequenziert und deren phylogenetische Verwandschaft bestimmt. Außerdem wird die Zusammensetzung mittels in situ Hybridisierung mit fluoreszenzmarkierten rRNA-gerichteten Oligonukleotidsonden unterschiedlicher Spezifität quantifiziert. Um die verschiedenen Bakteriengruppen zu erfassen, sollen zunächst gruppenspezifische Sonden eingesetzt werden (Proteobakterien, Cytophagen/Flavobakteriencluster). Später werden auf der Basis der sequenzierten 16S rRNA-Fragmente neue Sonden von relevanten Vertretern aus der Unterweser konstruiert, um deren Populationsdynamik im Salinitätsgradienten und saisonal zusammen mit dem Umsatz der wichtigsten organischen Substrate zu erfassen. Weiterhin werden MPN-Verdünnungsreihen angelegt, um wichtige Vertreter zu kultivieren, deren 16S rRNA-Gene zu sequenzieren und spezifische Sonden zu konstruieren. In Mesokosmen wird die Wachstumsdynamik und der Substratumsatz der wichtigsten Bakterien unter kontrollierten Bedingungen studiert.

• DFG Programme: Research Grants