Sequenzierung des Dictyostelium Genoms

• Applicant: Professorin Dr. Angelika A. Noegel
• Subject Area: Cell Biology
• Term: from 1998 to 2005
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5091566

Dictyostelium discoideum, eine freilebende Amöbe, ist ein Modellorganismus für zell- und entwicklungsbiologische Fragestellungen. Das Genom ist auf sechs Chromosomen verteilt und hat eine Größe von 34 Mb. Zur Zeit wird die Sequenzierung einzelner Chromosomen durch verschiedene Organisationen gefördert, die in einem internationalen Konsortium zusammengeschlossen sind. Dadurch wird die Sequenzierung und Annotation von fünf der sechs Chromosomen ermöglicht. Chromosom 1 (5,5 Mb) und 2 (ca. 8 Mb) sind durch das DFG-Programm "Sequenzierung kleiner Genome" gefördert worden, die Chromosomen 4,5 und 6 werden durch die EU, das NIH (USA) und MRC (UK) gefördert. Chromosom 3 ist bisher keinem Projekt zugeordnet. Als Vorgehensweise wurde ein whole chromosom shotgun Ansatz (WCS) gewählt. Das DFG-geförderte Projekt hat Schrittmacherfunktion und Chromosom 2, das mit 8 Mb größte Chromosom, ist das erste fertiggestellte und publizierte Dictyostelium Chromosom (Glöckner et al., Nature, in press). Ziel dieses Vorhabens ist, Chromosom 3 (ca. 6 Mb) fertigzustellen und zusammen mit dem Konsortium einen Genkatalog zu erstellen und die Analyse und Annotation des gesamten Genoms abzuschließen. Damit ist das Genom eines Organismus entschlüsselt, der phylogenetisch vor der Abzweigung der Metazoen und Pilze aber nach der Abzweigung der Pflanzen steht. Diese Daten ermöglichen gesamtgenomische Vergleiche zwischen phylogenetisch verschieden einzuordnenden Gruppen und bilden die Voraussetzung für genomweite Ansätze der funktionellen Genom- und Proteomanalyse von Dictyostelium.

• DFG Programme: Research Grants
• Participating Person: Professor Dr. Gernot Glöckner (†)