Sequenzbasierte Analyse der Regulation und Interaktion von imprinteten Genen

• Applicant: Privatdozentin Dr.-Ing. Martina Paulsen
• Subject Area: Bioinformatics and Theoretical Biology
• Term: from 2007 to 2011
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 46691177

Elterlich geprägte Gene sind in Säugetieren an verschiedenen Entwicklungsprozessen beteiligt. Viele dieser Gene sind in der Plazenta oder im Gehirn exprimiert, ihre Hauptaufgaben scheinen in der Regulation von embryonalem Wachstum und in neuronalen Funktionen zu liegen. Im Rahmen des Projekts sollen die Produkte elterlich geprägter Gene anhand von DNA-Sequenzmerkmalen, Genexpressionsmustern und Analyse der Proteininteraktionen in Regulations- und Proteinnetzwerke eingebunden werden. Zur Charakterisierung der Regulationsnetzwerke sollen CpG-Inseln und konservierte Elemente geprägter Gene auf typische Sequenzmotive, insbesondere auf Bindestellen bekannter Transkriptionsfaktoren, untersucht werden. Eine Einbeziehung der Expressionsmuster sowohl der elterlich geprägten Gene als auch der potentiell regulierenden Transkriptionsfaktoren soll die Identifikation von relevanten Regulationselementen und daran bindenden Proteinfaktoren erleichtern. Zur Einbindung in Proteinnetzwerke sollen aus Interaktionsdatenbanken Proteine zusammengestellt werden, die mit den geprägten Genprodukten eine direkte Interaktion eingehen oder in einem funktionellen Zusammenhang stehen, also z.B. in denselben Stoffwechselwegen agieren. Relevante Interaktionspartner sollten zudem einer ähnlichen gewebespezifischen Regulation unterliegen. Insgesamt beabsichtigen wir in diesem Projekt eine erstmalige umfassende Charakterisierung der elterlichen Prägung auf genomischer und proteomischer Ebene.

• DFG Programme: Research Grants
• Participating Person: Professor Dr. Volkhard Helms