Porphyromonas gingivalis induced expression quantitative trait loci (eQTL) in humane monocytes
Final Report Abstract
In unserer Studie konnten die im Arbeitsprogramm dargelegten Abschnitte 1 „RNA-/DNA- und Proteinisolationen und Erstellen einer Biodatenbank“ und 2 „Genomweite SNP-Typisierung und transkriptomweite Expressionsanalysen" erfolgreich abgeschlossen werden. Der Abschnitt 3 „eQTL- und funktionelle Pathway-Analysen“ steht noch aus. Trotz aller extern bedingten Verzögerungen konnte die Isolation der Monozyten aus dem Blut der Probanden und Stimulation mit LPS von P.g. wie geplant erfolgen, und die Daten der DNA-Genotypisierung sowie der globalen Genexpressionsanalysen stehen in hoher Qualität zur Verfügung. Die nachgeschalteten bioinformatischen Analysen können also nach Etablierung der IT-Infrastruktur laufen. Ebenso kann die funktionelle Charakterisierung der identifizierten SNPs im neu etablierten grundlagenwissenschaftlichen Forschungslabor der Zahnklinik 3 am UK Erlangen durchgeführt werden, weil das neue Labor für die durchzuführenden Methoden ausgestattet wurde. Das Projekt bleibt nach wie vor äußerst vielversprechend, weil alle grundlegenden Experimente erfolgreich durchgeführt werden konnten und eine vergleichbare Studie bislang nicht publiziert wurde.
