Mit Methoden der Molekular-Dynamik (MD) Simulationen ist es in diesem Projekt mein Ziel, den molekularen Mechanismus von MHCII Proteinen zu erforschen: MHCII Proteine sind molekulare Maschinen in unserem Immunsystem und verantwortlich für die korrekte Beladung und Präsentation von Fremdkörpern (Antigene, z.B. Viren oder Bakterien), damit diese von T-Zellen erkannt und z.B. mit Antikörpern eliminiert werden können. Dabei habe ich mich mit folgenden Frage- und Aufgabenstellungen beschäftigt: Was sind notwendige strukturellen Veränderungen für die Antigen-Beladung von natürlich vorkommende MHCII Varianten und Mutanten? Wie werden diese durch den molekularen Katalysator DM beeinflusst? Was sind molekulare Faktoren für die Selektivität Antigen-Beladungen? Entwicklung und Verbesserung von computergestützen Methoden zur molekular-mechanistischen Untersuchung von MHCII-Proteinen mit Erweiterbarkeit auf andere Proteine und makromolekulare Maschinen. Der wesentliche wissenschaftlicher Beitrag meines Forschungsprojekts liegt in: MD Simulation (60TB), Modellierung, und mechanistischen Analyse unterschiedlicher MHCII-Varianten, und Antigenen, auch in Wechselwirkung mit dem Katalysator-Protein DM; Entwicklung einer Open-Source Software-Plattform zur strukturell-dynamischen Charakterisierung vieler unterschiedlicher atomistischer Simulationszustände. Ich war positiv überrascht, dass ich mit meinen MD Simulationen tatsächlich mechanistisch notwendige strukturelle Änderungen entlang des gesamten MHCII-Proteins beobachten konnte, obwohl diese Simulationen mit einer Zeitskala von Mikrosekunden und ein Antigen-Beladungsprozess auf MHCII-Proteine Sekunden oder länger dauert.