Relative Datierung von Introninsertionsereignissen als Mittel phylogenetischer Analyse

• Antragsteller: Privatdozent Dr. Veiko Krauß; Professor Dr. Peter Florian Stadler
• Fachliche Zuordnung: Bioinformatik und Theoretische Biologie
• Förderung: Förderung von 2007 bis 2012
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 35225218

ImWir entwickelten ein neuartiges phylogenetisches Merkmal, welches wir near intron pair (NIP) nannten. Dieses Merkmal entsteht durch die Insertion eines Introns in weniger als 50 Nukleotiden Entfernung zu einer evolutionär älteren Intronposition. Die geringe Entfernung voneinander schließt in der Regel die gleichzeitige Existenz beider Introns aus und erlaubt die Charakterisierung der neuen Intronposition als apomorph (abgeleitet). Wir zeigten die Tauglichkeit dieser neuen Merkmalsklasse zur Klärung der Verwandtschaft der Ordnungen holometaboler Insekten. Wir entwickelten Algorithmen zur automatischen Generierung von Intronverteilungsmatrizen orthologer Gene aus Genomprojektdaten. Wir planen die Rekonstruktion phylogenetischer Stammbäume auf Grundlage unserer NIP-Daten zunächst für tierische Genomsequenzen. Durch PCR-gestützte Klonierung informativer NIPs wollen wir die phylogenetische Position bestimmter Taxa holometaboler Insekten bestimmen. Weiterhin wollen wir gezielt neuere Intronsequenzen analysieren, um Hypothesen des Introngewinns oder der Intronbewegung zu prüfen. Wir planen zudem die Einrichtung einer Datenbank orthologer Intronsequenzen, auf deren Grundlage wir unter Nutzung der Genomsequenzen nahe verwandter Metazoa die Mechanismen der Intronentstehung untersuchen wollen. Eine solche Datenbank eröffnet umfangreiche Möglichkeiten der Nachnutzung unserer Analyseergebnisse.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen