NGS Sequencer

• Subject Area: Microbiology, Virology and Immunology
• Term: Funded in 2017
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 329045328

Die gesamte Forschung am IMB ist auf Sequenzierungen angewiesen. Im vergangenen Jahr (2015) wurden allein von IMB-Wissenschaftlern Library-Preparation- und Sequenzier-Kits im Wert von etwa 350.000 € (netto) bestellt. Bisher wurde der Sequenzierer am Institut für Molekulargenetik, gentechnologische Sicherheitsforschung und Beratung (IMSB) der JGU Mainz genutzt und in den letzten Jahren auch zu einem sehr hohen Prozentsatz (57- 70%) durch das IMB ausgelastet. Der Wartungsvertrag des Sequenzierers läuft noch bis Ende 2016. Allerdings entspricht der Sequenzierer nicht mehr dem Stand der Technik und kann auch leider nicht weiter aufgerüstet werden. Die verbaute Kamera kann nicht gegen eine neue ersetzt werden, und es kann nicht die neueste Chemie genutzt werden. Beide Upgrades würden schnelleres und günstigeres Sequenzieren erlauben. Die Nutzung des Sequenzieres im eigenen Haus würde eine Verkürzung der Turn-Around Zeit von 6 auf 3 Wochen bedeuten. Die meisten Analysen am IMB sind RNA-Seq und ChIP-Seq Analysen. Für diese Analysen eignet sich der beantragte Sequenzierer hervorragend. Andere Sequenzierer sind eher auf Hochdurchsatz-Sequenzierung ausgelegt und eignen sich deshalb nicht gut für unsere Sequenzierprojekte. Die im Verhältnis zu anderen Geräten günstigen Anschaffungskosten machen den beantragten Sequenzierer sehr attraktiv. Im Vergleich zum Sequenzieren durch eine externe Firma (outsourcing) wird sich der beantragte Sequenzierer schon nach etwas mehr als einem Jahr amortisieren. Auch die Kosten pro Basenpaar (bp) sind günstig.

• DFG Programme: Major Research Instrumentation
• Major Instrumentation: NGS Sequencer
• Instrumentation Group: 3150 DNA-Sequenzer
• Applicant Institution: Johannes Gutenberg-Universität Mainz
• Leader: Dr. Andreas Vonderheit