High-resolution mapping and quantitative modeling of cooperative RNA binding in mRNPs
Biochemistry
Final Report Abstract
Die Expression des Genoms umfaßt die Produktion von RNA-Molekülen, die unterschiedliche Lebenszeiten in der Zelle haben. Diese Lebenszeiten werden durch Proteine (Faktoren) reguliert, die den Abbau (Degradation) der RNA-Moleküle steuern. Die hier erzielten Ergebnisse führten zur Kartierung von RNA-degradierenden Faktoren entlang ihrer RNA-Substrate in einer eukaryontischen Zelle. Insbesondere wurde ermittelt, an welche RNA-Moleküle 30 verschiedene RNA- degradierende Faktoren in der Zelle binden und welche Faktoren die gleichen RNAs binden. Mithilfe einer ausgeklügelten bioinformatischen Analyse der Daten konnte zudem festgestellt werden, in welchen Bereichen der RNA-Moleküle die Faktoren binden. Das führte zu neuen Einsichten in die Wirkungsweise der Faktoren. Da die normale Funktion der Zelle kritisch von den RNA-Konzentrationen abhängt, die von diesen Faktoren stark beeinflusst werden, tragen unsere Einsichten dazu bei, den RNA-Stoffwechsel in gesunden Zellen besser zu verstehen.
Publications
- Transcriptome maps of general eukaryotic RNA degradation factors. eLife 2019;8:e47040
Sohrabi-Jahromi S, Hofmann KB, Boltendahl A, Roth C, Gressel S, Baejen C, Soeding J*, Cramer P
(See online at https://doi.org/10.7554/eLife.47040) - Yeast mitochondrial protein Pet111p binds directly to two distinct targets in COX2 mRNA suggesting a mechanism of translational activation. J Biol Chem. 2019 Mar 25
Jones JL, Hofmann KB, Cowan AT, Temiakov D, Cramer P, Anikin M
(See online at https://doi.org/10.1074/jbc.RA118.005355)
