Development of Analytical Tests for Detection of Pathogenicity and Identification of Molecular Defects in Unclear Genetic Variants of the DNA Mismatch Repair Gene MSH2 in Lynch Syndrome
Human Genetics
Final Report Abstract
Genetische Veränderungen („Mutationen“) im MUTYH-Gen können eine Prädisposition für kolorektale Polypen oder ein kolorektales Karzinom verursachen, falls sie die Funktion des Gens ausschalten oder vermindern. Ob eine in MUTYH bei einem Patienten gefundene Veränderung aber diese Wirkung hat, ist insbesondere dann schwer vorhersagbar, wenn dies sich im regulativen Bereich des Gens (im Promotor) befindet. Der Promotor des MUTYH-Gens ist zudem komplex aufgebaut, da es sich um einen bidirektionalen Promotor handelt (also zwei Gene in entgegengesetzter Richtung geregelt werden) und vom MUTYH-Gen verschiedene „Versionen“ abgelesen werden, indem der Start des Gens je nach Gewebe an verschiedenen Stellen beginnt. Im Rahmen der durchgeführten Arbeiten wurde eine verkleinerte Version des MUTYH-Gens (ein Minigen) inklusive des Promotors erzeugt und der Promotor somit der funktionellen biochemischen Analyse zugänglich gemacht. Somit konnte die Bedeutung der verschiedenen Abschnitte des Promotors für die Ablesung des Gens untersucht werden und diese bestimmten Transkript-Versionen zugeordnet werden. Zudem wurden genetische Varianten untersucht, die bei Karzinompatienten gefunden worden waren und bei denen unklar war, ob sie eine ursächliche Beziehung zur Karzinom-Entstehung haben können. Von sechs untersuchten Varianten konnte für drei gezeigt werden, dass sie die Transkription nicht beeinflussen (also keinen schädigenden Effekt auf die Genfunktion von MUTYH haben), während drei andere die Transkription veränderten. Somit konnte eine funktionelle Karte des MUTYH-Promotors erzeugt werden, die einerseits für das Verständnis des Gens relevant ist, andererseits aber auch verwendet werden kann, um eine erste Einschätzung des potentiellen Effekts neu beobachteter MUTYH-Promotorvarianten machen zu können. Zudem erlaubt die Etablierung des neuen Minigen-Systems, die betreffenden Varianten funktionell zu untersuchen oder weitergehende Fragestellungen zur MUTYH-Transkription zu klären.
Publications
- Evaluation of MLH1 variants of unclear significance. Genes Chromosomes Cancer. 2018 Jul;57(7):350-358
Köger N., Paulsen L., López-Kostner F., Della Valle A., Vaccaro C.A., Palmero E.I., Alvarez K., Sarroca C., Neffa F., Kalfayan P.G., Gonzalez M.L., Rossi B.M., Reis R.M., Brieger A., Zeuzem S., Hinrichsen I., Dominguez-Valentin M., Plotz G.
(See online at https://doi.org/10.1002/gcc.22536) - Analysis of MUTYH alternative transcript expression, promoter function and the effect of human genetic variants. Human Mutation, Vol.40. 2019, Issue 4, pp. 472-482.
Köger N., Brieger A., Hinrichsen I.M., Zeuzem S., Plotz G.
(See online at https://doi.org/10.1002/humu.23709) - Validation of an in Vitro Mismatch Repair Assay Used in the Functional Characterization of Mismatch Repair Variants. Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 22. 2020, Issue 3, pp. 376-385.
González-Acosta M, Hinrichsen I, Fernández A, Lázaro C, Pineda M, Plotz G, Capellá G.
(See online at https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2019.12.001)
