Deep Sequencing Plattform
Final Report Abstract
Die Deep Sequencing Plattform hat die Forschung sowohl an unserem Universitätsklinikum und der Medizinischen Fakultät als auch an den beiden Naturwissenschaftlichen Fakultäten I und III unserer Universität enorm vorangebracht und in einigen Bereichen wie der translationalen Resequenzierung regelrecht katapultiert. Als Beispiele möchten wir hier die translationalen Projekte zu Brust- und Eierstockkrebs nennen, aus denen bereits Publikationen hervorgegangen sind. Die Etablierung einer kleinen, aber flexiblen NGS-Plattform in unserer Core facility hat sich sehr bewährt, a) für die Aus- und Weiterbildung von Studenten, Wissenschaftlern und Ärzten in der Probenvorbereitung, state-of-the-art Sequenzierung und Bioinformatik und b) für dringende oder schwierige High-Throughput Sequenzierungen. Zu letzterem zählen im Bereich der translationalen Krankenversorgung Fast Track Analysen zur Therapieplanung in der Genpanel-Analyse. Exomund auch TSO-Sequenzierungen auf dem MiSeq haben sich für wissenschaftliche und translational-klinische Notfälle bewährt (dazu gehören dringende wissenschaftliche Projekte, aber auch dringende klinische Fragestellungen wie schwere unklare Krankheitsbilder mit vermuteter genetischer Ursache). Ebenso können wir erfolgreich auch sehr geringe Probenmengen erfolgreich sequenzieren, die kommerziell nicht bearbeitet werden. Die Sequenzierplattform wurde gemäß Antrag vor allem für translationale klinischwissenschaftliche Zwecke genutzt. Von großer Bedeutung ist das Gerät für die Forschung und für die Ausbildung unseres wissenschaftlichen Nachwuchses, u.a. konnten mehrere Facharztabschlüsse für Humangenetik incl. NGS-Schulung realisiert werden. Außerdem wurden ein interdisziplinäres Symposium „Novel Applications of Deep Sequencing in Medicine, Genomics, and Biodiversity Research“, ein Workshop im Rahmen der GRK2155 Spring School sowie verschiedene Promotionen initiiert. Die beiden wissenschaftlichen IT-Mitarbeiter arbeiteten zusätzlich an der Entwicklung von Bioinformatik-Software zur Analyse der durch den Sequenzierer generierten Daten, an der Analyse dieser Daten sowie an der Schulung von Mitarbeitern zur Bedienung der entwickelten Software zur selbständigen Analyse der generierten Sequenzdaten. Auf Grund der breiten und intensiven Nutzung der Deep Sequencing Plattform für Resequenzierungs- und Expressionsanalysen konnten verschiedene Projekte erfolgreich bearbeitet und bereits mit Publikationen abgeschlossen werden. Weitere Projekte und Publikationen sind in Arbeit.
Publications
- Clinical relevance of miR-mediated HLA-G regulation and the associated immune cell infiltration in renal cell carcinoma. Oncoimmunology 4, 2015
Jasinski-Bergner S, Stoehr C, Bukur J, Massa C, Braun J, Hüttelmaier S, Spath V, Wartenberg R, Legal W, Taubert H, Wach S, Wullich B, Hartmann A, Seliger B
(See online at https://doi.org/10.1080/2162402X.2015.1008805) - Molecular mechanism of CHRDL1-mediated X-linked megalocornea in humans and in Xenopus model. Hum Mol Genet 24: 3119-3132, 2015
Pfirrmann T, Emmerich D, Ruokonen P, Quandt D, Buchen R, Fischer-Zirnsak B, Hecht J, Krawitz P, Meyer P, Klopocki E, Stricker S, Lausch E, Seliger B, Hollemann T, Reinhard T, Auw-Haedrich C, Zabel B, Hoffmann K, Villavicencio-Lorini P
(See online at https://doi.org/10.1093/hmg/ddv063) - (2016): Familial Gordon syndrome associated with a PIEZO2 mutation. In: American journal of Medical Genetics. Part A
Alisch F, Weichert A, Kalache K, Paradiso V, Longardt AC, Dame C, Hoffmann K, Horn D
(See online at https://doi.org/10.1002/ajmg.a.37997) - Effect of primary systemic carboplatin therapy in triple-negative breast cancer according to the Vanderbilt subtype. The Breast 32: S82-S83, 2016
Vetter M, Beck H, Schwarzer F, Stückrath K, Porsch M, Wickenhauser C, Strauß HG, Thomssen C
(See online at https://doi.org/10.1016/S0960-9776(17)30269-2) - Homozygous mutation in Atlastin GTPase 1 causes recessive hereditary spastic paraplegia. In: Journal of human genetics 61: 571–573, 2016
Willkomm L, Heredia R, Hoffmann K, Wang H, Voit T, Hoffman EP, Cirak S
(See online at https://doi.org/10.1038/jhg.2016.6) - Identification of novel microRNAs regulating HLA-G expression and investigating their clinical relevance in renal cell carcinoma. Oncotarget 7: 26866-26878, 2016
Jasinski-Bergner S, Reches A, Stoehr C, Massa C, Gonschorek E, Huettelmaier S, Braun J, Wach S, Wullich B, Spath V, Wang E, Marincola FM, Mandelboim O, Hartmann A, Seliger B
(See online at https://doi.org/10.18632/oncotarget.8567) - Novel peroxisome proliferator-activated receptor gamma mutation in a family with familial partial lipodystrophy type 3. In: Clinical endocrinology 84: 141–148, 2016
Miehle K, Porrmann, Joseph; Mitter, Diana; Stumvoll, Michael; Glaser, Christiane; Fasshauer, Mathias; Hoffmann, Katrin
(See online at https://doi.org/10.1111/cen.12837) - Identification of genetic determinants of breast cancer immune phenotypes by integrative genomescale analysis. Oncoimmunology 6: e1253654, 2017
Hendrickx W, Simeone I, Anjum S, Mokrab Y, Bertucci F, Finetti P, Curigliano G, Seliger B, Cerulo L, Tomei S, Delogu LG, Maccalli C, Wang E, Miller LD, Marincola FM, Ceccarelli M, Bedognetti D
(See online at https://doi.org/10.1080/2162402X.2016.1253654) - Identification of patient-specific and tumorshared T cell receptor sequences in renal cell carcinoma patients. Oncotarget 8: 21212-21228, 2017
Massa C, Robins H, Desmarais C, Riemann D, Fahldieck C, Fornara P, Seliger B
(See online at https://doi.org/10.18632/oncotarget.15064)
