GRK 1906:  Informatische Methoden für die Analyse von Genomdiversität und -dynamik

• Fachliche Zuordnung: Grundlagen der Biologie und Medizin ; Informatik ; Mathematik
• Förderung: Förderung von 2013 bis 2018
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 221270173

Der technologische Fortschritt erlaubt es, dass in vielen Naturwissenschaften experimentelle Daten schneller gewonnen werden, als sie interpretiert werden können. Aber durch den technologischen Fortschritt werden nicht nur mehr genomische Daten gewonnen, sondern es können auch gänzlich neuartige Fragestellungen bearbeitet werden, wie beispielsweise Einzelzell- oder Metagenomik-Studien. Vielen dieser Fragen ist gemein, dass das Verhältnis von Individuen innerhalb größerer Populationen betrachtet wird. Um biologische Systeme vollständig zu durchdringen, ist es daher unerlässlich, sowohl die Variation zwischen Individuen (Diversität) als auch die zeitliche Entwicklung in Populationen (Dynamik) zu verstehen. Ziel des Graduiertenkollegs ist es, Nachwuchswissenschaftlerinnen und -wissenschaftler auszubilden und in die Lage zu versetzen, neue informatische Methoden für die Analyse von Genomdiversität und -dynamik zu entwickeln. Dabei liegt der Fokus auf der Entwicklung dedizierter, neuer Algorithmen, die für das Verständnis von Genomdiversität und -dynamik notwendig sind, und auf den informatischen Paradigmen, die es zu analysieren gilt, um diese in der Praxis anzuwenden. Hieraus ergeben sich die folgenden fünf Forschungsbereiche: (1) Ausbau von Rechenkapazitäten, (2) Datenspeicherung und -abfrage, (3) Algorithmen für die Analyse von Sequenzdaten, (4) Algorithmen für die Analyse von strukturellen und Netzwerkdaten und (5) Methoden für die interaktive Analyse und Visualisierung von Ergebnissen.

• DFG-Verfahren: Internationale Graduiertenkollegs
• Internationaler Bezug: Kanada
• Antragstellende Institution: Universität Bielefeld
• IGK-Partnerinstitution: British Columbia Cancer Agency; Vancouver General Hospital; Prostate Centre; Simon Fraser University
• Sprecher: Professor Dr. Jens Stoye
• Kooperationspartnerinnen / Kooperationspartner: Professor Dr. David L. Baillie; Professor Dr. Ryan Brinkmann; Professorin Fiona S. L. Brinkmann; Professor Dr. Cedric Chauve; Professor Dr. Nansheng Chen; Professor Dr. Artem Cherkasov; Professor Dr. Colin C. Collins; Professor Funda Ergun, Ph.D.; Professor Dr. Martin Ester; Professor Steven Jones, Ph.D.; Professor Dr. Torsten Möller; Professor Dr. Sohrab Shah; Professor Dr. Arrvvindh Shriraman; Professor Dr. Peter J. Unrau
• beteiligte Wissenschaftlerinnen / beteiligte Wissenschaftler: Professorin Dr. Ellen Baake; Professor Dr. Robert Giegerich; Professor Dr. Alexander Goesmann; Professorin Dr. Barbara Hammer; Professor Dr. Ralf Hofestädt; Professor Dr.-Ing. Tim Nattkemper, Ph.D.; Professor Dr. Markus Nebel, seit 12/2016; Professor Dr. Alexander Sczyrba
• Sprecher (IGK-Partner): Professor Dr. S. Cenk Sahinalp