Ultrahochauflösende LC-MS/MS Massenspektrometrieeinheit
Final Report Abstract
Mit dieser Anlage werden die Struktur und Komposition makromolekularer Komplexe mittels hochaufgelöster LC-MS/MS Massenspektrometrie untersucht. Insbesondere werden Interaktionen von Untereinheiten und Domänen in Proteinkomplexen durch chemische Quervernetzung und Massenspektrometrie mit hoher Ortsauflösung kartiert. Dazu werden die Proteinkomplexe mit bifunktionellen Crosslinkern quervernetzt und anschließend proteolytisch zu Peptiden verdaut. Die Peptide und quervernetzten Peptide werden mit Hilfe der ultrahochaufgelösten Massenspektrometrie identifiziert. Aus den daraus erhaltenen Informationen können wesentliche Informationen zu Interaktionen von Untereinheiten und zur Architektur in Proteinkomplexen erhalten werden. Die wichtigsten Forschungsprojekte, in denen das Gerät in den vergangenen Jahren eingesetzt wurde sind: -Struktur und Dynamik des DNA Doppelstrangbruch-Reparaturkomplexes Mre11-Rad50. - Architektur des Megadalton Chromatinremodellers INO80. - Strukturelle Dynamik und Architektur des Rvb1/Rvb2 ATPase Komplexes. - Architektur und Struktur des DNA Reparatur/Resection Faktors HerA/NurA. - Architektur und Konformationsdynamik des Transkriptionsregulators und Remodellers Mot1. - Architektur des INO80-Paf1-ATR Komplexes. - Interaktion von Proteasom-Chaperonen mit 15S Proteasomvorläuferkomplexen. - Architektur und Mechanismus von Typ VI Sekretionssystemen in Bakterien. - Architektur von Transkriptionskomplexen aus Säugern. - Architektur von Kinetochorkomplexen. - Methodenentwicklung zu chemischer Quervernetzung und Massenspektrometrie und deren Visualisierung auf 3D Strukturmodellen.
Publications
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Structure and subunit topology of the INO80 chromatin remodeler and its nucleosome complex. Cell. 2013 Sep 12;154(6):1207-19
Tosi A, Haas C, Herzog F, Gilmozzi A, Berninghausen O, Ungewickell C, Gerhold CB, Lakomek K, Aebersold R, Beckmann R, Hopfner KP
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Conserved architecture of the core RNA polymerase II initiation complex. Nat Commun. 2014 Jul 10;5:4310
Mühlbacher W, Sainsbury S, Hemann M, Hantsche M, Neyer S, Herzog F, Cramer P
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Plaschka C, Larivière L, Wenzeck L, Seizl M, Hemann M, Tegunov D, Petrotchenko EV, Borchers CH, Baumeister W, Herzog F, Villa E, Cramer P
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Molecular Basis of Transcription-Coupled Pre-mRNA Capping. Mol Cell. 2015 Jun 18;58(6):1079-89
Martinez-Rucobo FW, Kohler R, van de Waterbeemd M, Heck AJ, Hemann M, Herzog F, Stark H, Cramer P
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Structural basis for dodecameric assembly states and conformational plasticity of the full-length AAA+ ATPases Rvb1 · Rvb2. Structure. 2015 Mar 3;23(3):483-95
Lakomek K, Stoehr G, Tosi A, Schmailzl M, Hopfner KP
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Structural basis for recognition and remodeling of the TBP:DNA:NC2 complex by Mot1. Elife. 2015 Aug 10;4
Butryn A, Schuller JM, Stoehr G, Runge- Wollmann P, Förster F, Auble DT, Hopfner KP
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xVis: a web server for the schematic visualization and interpretation of crosslinkderived spatial restraints. Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W362-9
Grimm M, Zimniak T, Kahraman A, Herzog F
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Mec1, INO80, and the PAF1 complex cooperate to limit transcription replication conflicts through RNAPII removal during replication stress. Genes Dev. 2016 Feb 1;30(3):337-54
Poli J, Gerhold CB, Tosi A, Hustedt N, Seeber A, Sack R, Herzog F, Pasero P, Shimada K, Hopfner KP, Gasser SM
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Structural mechanism of ATP-dependent DNA binding and DNA end bridging by eukaryotic Rad50. EMBO J. 2016 Apr 1;35(7):759-72
Seifert FU, Lammens K, Stoehr G, Kessler B, Hopfner KP
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Structure of transcribing mammalian RNA polymerase II. Nature. 2016 Jan 28;529(7587):551-4
Bernecky C, Herzog F, Baumeister W, Plitzko JM, Cramer P
