ARB in the age of high throughput sequencing: adaptation to the requirements of large scale environmental and metagenomic studies and maintenance of the respective databases

• Applicant: Dr. Wolfgang Ludwig
• Subject Area: Microbial Ecology and Applied Microbiology
• Term: from 2011 to 2014
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 196253499

Im Rahmen des von der DFG geförderten Projektes wurden Teile des ARBSoftwarepaketes hinsichtlich der automatisierten Pflege integrativer Datenbanken alignierterund analysierter Nukleinsäuresequenzen und jedweder Art diesen zugeordneterZusatzdaten erweitert und verbessert.Die umfangreichen Arbeiten im Zusammenhang mit der Erstellungund Pflege von qualitativ hochwertigen "Seed-" und "Core"-rRNA-Datenbanken sowieAnfragen und Anregungen aus dem Kreis der ARB- und SILVA-Nutzer haben deutlichgezeigt, dass substanzielle Erweiterungen und Verbesserungen des ARB-Paketeserforderlich sind, um den Anforderungen der Hochdurchsatzsequenzierungsära gerechtzu werden, insbesondere vor dem Hintergrund der Vielzahl an umfangreichen Umwelt- undMetagenomstudien. Neu- oder Redesign bzw. Verbesserung oder Anpassung sowieweitgehende Automatisierung von ARB-Komponenten für Datenbank-"merging",Stammbaumrekonstruktion, -optimierung und -vergleich, Alignment von (hochvariablen)Sequenzabschnitten, "Data-minining", sowie Pflege und Analyse von Proteinsequenzdatensind geplant. Ferner ist intensive Bereinigung des umfangreichen, in 18 Jahren unterMitwirkung einer Vielzahl von Autoren entstandenen komplexen Codes erforderlich.

• DFG Programme: Research data and software (Scientific Library Services and Information Systems)