Hochauflösende Elektrospray-Ionisations Hybrid-Massenspektrometer Plattform
Final Report Abstract
Die neue hochauflösende Massenspektrometrie-Plattform wird sehr erfolgreich für die quantitative Proteomanalytik eingesetzt. Sie ist zentraler Bestandteil der Core Facility „Massenspektrometrie und quantitative Proteomics“ des Forschungszentrums für Immuntherapie (FZI), sowie der ProTIC Core Facility des Forschungszentrums Translationale Neurowissenschaften (FTN) und wird zudem in einer Vielzahl nationaler und internationaler Kooperationen eingesetzt. Mit Hilfe der neuen Instrumentenplattform konnte eine deutlich verbesserte Messmethode für die label-freie quantitative Proteomanalytik etabliert werden. Hierbei spielt die mit dem neuen Gerät mögliche Ionenmobilitätsanalytik eine zentrale Rolle, da somit erstmals driftzeit-spezifische Kollisionsenergien eingesetzt werden können. Dies führt zu einer deutlichen Verbesserung der Fragmentierungseffizienz in Daten-unabhängigen Messmethoden, so dass mit der neuen Plattform erstmals über 4000 Proteine aus komplexen Proben - wie z.B. Zelllysaten identifiziert und label frei quantifiziert werden konnten. Die Methode wurde erfolgreich für weitere Arbeiten, beispielsweise die Charaktierisierung des Proteoms der „Post-Synaptic Densities“ eingesetzt. Neben der Methodenentwicklung und –optimierung wird das Gerät für eine breite Vielfalt an Kooperationsprojekten eingesetzt, meist im Bereich der labelfreien quantitativen Proteomanalytik. Beispielhaft sind die Arbeiten zur Charakterisierung der Proteincorona von Nanopartikeln zu nennen. Im Rahmen einer Kooperation mit dem Fraunhofer ICT-IMM in Mainz wird zur Zeit ein mikrofluidisches System für die eine zeitliche genau kontrollierbare Exposition von Nanopartikel gegenüber Blutplasmabestandteilen etabliert, wobei das Gerät für die Charakterisierung Nanopartikel-gebundener Plasmaproteine eingesetzt wird. Des Weiteren wurde das Gerät im Rahmen von DFG- und BMBF-geförderten Projekten für die Charakterisierung des Proteoms des Pathogens Leishmania major, sowie für eine systembiologische Analyse der MHC-Klasse I restringierten Antigenprozessierung eingesetzt. Einen wesentlichen Beitrag liefert das Gerät auch für die Definition prädiktiver Biomarker im Rahmen eines vom DKTK geförderten Kollaborationsprojekts mit Dr. Andrea Tüttenberg aus der Hautklinik der Universitätsmedizin Mainz. Hier werden Plasmaproben von Melanompatienten nach Immuntherapie mittels label-freier quantitativer Proteomanalytik charakterisiert.
Publications
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