Compute Cluster
Final Report Abstract
Der Compute-Cluster stellt für den Lehrstuhl T38 des Physik-Departments der TU München seit der Inbetriebnahme das zentrale Gerät zur Durchführung von Forschungsarbeiten dar. Der Compute-Cluster wurde in den ersten drei Jahren des Betriebes und wird genutzt, um Simulationsstudien an Biomolekülen (zentrales Forschungsthema des Lehrstuhls) durchzuführen und erreicht durch die beträchtliche Anzahl an Nutzern (ca. 15-20 Postdoktoranden, Doktoranden, Master- und Bachelorstudenten) eine durchgehend hohe Auslastung (selten unter 50%, praktisch nie „idle“). Im Rahmen verschiedener Forschungsprojekte, die durch weitere Drittmitteleinwerbungen finanziert werden, wurden in den Jahren seit der Inbetriebnahme Simulationsstudien zur Reparatur von DNA (im Rahmen unserer Beteiligung am SFB 749), zur gekoppelten Faltung und Bindung von Peptiden an Proteine (Beteiligung am SFB 1035) und zur Wirkung von externen Kräften auf Proteine (Beteiligung am SFB863) durchgeführt. Die Simulationsstudien haben zu vielen neuen Erkenntnissen beigetragen. Darüber hinaus wurde der Compute-Cluster umfangreich genutzt, um unsere Methodenentwicklungen im Bereich der Computer-gestützten Vorhersage von Protein-Protein-Wechselwirkungen (gefördert durch DFG) und von RNA-Protein-Wechselwirkungen und Proteindynamik voranzutreiben (gefördert durch DFG). Im Rahmen von Forschungsarbeiten, die durch den Exzellenzcluster CIPSM (Center of Integrated Protein Science Munich) gefördert werden, wurde der Compute-Cluster auch für die Vorhersage der Bindegeometrie von Protein-Peptid-Wechselwirkungen genutzt. Diese Fortschritte wurden in unseren WEB-basierten Biomolekül-Docking-Service „ATTRACT“ (www.attract.ph.tum.de) integriert. Vom Lehrstuhl für medizinische Biophysik (Prof. F. Pfeiffer) am Physik-Department wurde der Compute-Cluster für die Bildverarbeitung von Röntgenphasenkontrastaufnahmen und bei der Weiterentwicklung dieses Verfahrens genutzt.
Publications
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