Integrierte genomische und proteomische Untersuchungen klinischer Gewebeproben

• Applicant: Dr. Katharina Malinowsky
• Subject Area: Pathology
• Term: from 2010 to 2013
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 167388777

Die histopathologische und molekulare Untersuchung klinischer Gewebeproben wird im Hinblick auf die stetig steigende Zahl zielgerichteter Therapien immer bedeutsamer. Dabei spielen Untersuchungen auf genomischer und proteomischer Ebene eine Malinowsky / Genom und Proteom aus FFPE Gewebe herausragende Rolle. Derzeit werden klinische Gewebeproben (z.B. Formalin-fixiertes Gewebe) jedoch getrennt auf DNA-, RNA- und Proteinebene untersucht, um molekulare Zielstrukturen für therapeutische Ansätze nachzuweisen oder zu identifizieren. In unserem Labor wurde bereits ein standardisiertes und robustes Verfahren entwickelt, mit dessen Hilfe intakte, immunreaktive Proteine aus Formalin-fixierten Gewebeproben in Lösung gebracht und quantifiziert werden können. Kürzlich ist es uns gelungen, in einem ein-Schritt-Verfahren nicht nur Proteine, sondern gleichzeitig auch DNA, RNA und miRNA aus Formalin-fixierten Gewebeproben zu isolieren.Das Ziel meines Projektes ist die Optimierung und erstmalige Anwendung dieses neuartigen ein-Schritt-Verfahrens zur molekularen Untersuchung klinischer Gewebeproben am Beispiel des uPA/PAI-1 Systems beim Mammakarzinom. Folgendes Vorgehen ist geplant: 1. Optimierung der Methodik (parallele Extraktion von miRNA und Proteinen) an Testgeweben und Zelllinien; 2. Anwendung des Verfahrens an 100 Mammakarzinomen; 3. Funktionelle Untersuchungen zur miRNA-basierten Regulation der uPA- und PAI-1-Expression. Mit meinem Projekt verbinde ich erstmalig quantitative miRNA- und Proteinuntersuchungen in den gleichen Formalin-fixierten Gewebeproben. In Zukunft wird es entscheidend sein, genomische und proteomische Untersuchungen in klinischen Gewebeproben parallel durchzuführen, um die Tumorbiologie besser zu verstehen und effizientere Behandlungsmöglichkeiten zu erarbeiten.

• DFG Programme: Research Grants