Next Generation Sequencer für Transkriptomanalysen

• Subject Area: Basic Research in Biology and Medicine
• Term: Funded in 2009
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 161267332

Im Rahmen der Erstausstattung unseres Lehrstuhls benötigen wir eine Hochdurchsatz ScreeningPlattform für die Durchführung von zellbasierten RNAi Screens. Neue Sequenzierungsmethoden zurTranskriptomanalyse ermöglichen es, RNAi Screens mit der systematischen Messung von Genexpressionsprofilenzu koppeln. Die neuen Genonv/Transkriptom-Sequenzierautomaten sind aufgrundneu entwickelter Verfahren um ein Vielfaches effizienter als herkömmliche Sequenzierer. Durch dieSequenzierung von Gentranskripten (RNAseq) kann das gesamte Transkriptom von Zellen erfasstwerden. Wir beantragen einen Next Generation Sequencer, um systematisch die Veränderungen inden Genexpressionsprofilen nach RNAi-fcnoc/cctown zu erfassen. Diese Expressionsprofile werdenuns die epistatische Einordnung der Kandidaten in den jeweiligen Signalweg erlauben. Der NextGeneration Sequencer erlaubt es uns darüber hinaus, Selektionsscreens mit genetisch markierten (sg.Barcoding) RNAi Reagenzien durchzuführen. In solchen Screens werden beispielsweise Geneidentifiziert werden, die für das Wachstum von Tumor Zelllinien essentiell sind.

• DFG Programme: Major Research Instrumentation
• Instrumentation Group: 3150 DNA-Sequenzer
• Applicant Institution: Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg; Medizinische Fakultät Mannheim
• Leader: Professor Dr. Michael Boutros