Understanding a Novel Function of the poly(A) Tail in IRES-Mediated Translation of Cellular mRNAs
Final Report Abstract
Im Rahmen des Projekts „ Understanding a novel function of the poly(A) tail in IRES-mediated translation of cellular mRNAs” haben wir eine besondere Klasse von mRNAs untersucht, die für einige z.B. bei der Wachstumssteuerung und dem programmierten Zelltod wichtige Proteine kodiert und mittels sogenannter “internal ribosome entry sequences” (IRES) translatiert werden können. Wir suchten nach einem neuartigen Faktor, der diese besondere Form der Translation mittels des “Poly(A) Schwanzes” aktiviert, da wir überraschenderweise gefunden hatten, dass der üblicherweise verantwortliche Faktor PABP hier keine Rolle zu spielen scheint. Mittels biochemischer Methoden der RNA Biologie konnten wir den verantwortlichen Faktor aus einem zellfreien System entfernen. Anschliessend konnten wir dieses depletierte System nutzen, um die Aufreinigung dieses Faktors zu betreiben. Es ist uns gelungen, diesen Faktor hoch aufzureinigen. In Kollaboration mit der EMBL Proteomics Facility haben wir Kandidaten für diesen Faktor bestimmt und versuchen derzeit, deren Funktion zu determinieren. Im Verlauf des geförderten Projekts gelang es auch, ein neuartiges System zu entwickeln, bei dem mittels siRNA Technologie Kandidaten-Faktoren aus HeLa Zellen entfernt werden und anschliessend zellfreie, von einem Faktor spezifisch depletierte Extrakte zur in vitro Translation generiert werden. Dieses System konnte bereits erfolgreich kollaborativ eingesetzt werden (mit der Gruppe von T. Pestova in New York).
Publications
- Translation initiation by the c-myc mRNA internal ribosome entry sequence and the poly(A) tail. RNA 14, 1579-1589, 2008
Thoma, C., S. Fratermann, M. Gentzel, M. Wilm and M.W. Hentze
- The role of ABCE1 in eukaryotic posttermination ribosomal recycling. Mol. Cell 37, 196-210, 2010
Pisarev, A.V., M.A. Skabkin, V.P. Pisareva, O.V. Skabkina, A.M. Rakotondrafara, M.W. Hentze, C.U.T. Hellen and T.V. Pestova
